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目的：本研究通过采集内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗40名蒙古族、汉族高龋和无龋儿童牙菌斑，应用Illumina16srDNA测序技术，分析内蒙古正蓝旗蒙古族及汉族高龋和无龋儿童口腔微生物群落结构差异，了解蒙古族、汉族高龋和无龋儿童的致龋优势菌及并进行图谱分析，了解蒙古族汉族口腔微生物群落的差异及特点，为区域性制定不同民族的防龋措施提供依据。 方法：选取内蒙古锡林郭勒盟正蓝旗高龋及无龋蒙古族和汉族儿童，其中蒙古族无龋（MH）10名，蒙古族高龋（MC）10名，汉族无龋（HH）10名，汉族高龋（HC）10名，采集口腔牙菌斑作为样本，液氮条件下转运至实验室，提取每个牙菌斑样本的总DNA，进行PCR扩增，基于Illumina HiSeq测序平台，利用双末端测序的方法，构建小片段文库进行双末端测序，通过对Reads拼接过滤，应用Uparse软件进行OTUs（Operational Taxonomic Units）聚类；菌种注释及丰度分析，揭示蒙、汉族高龋和无龋儿童牙菌斑的菌种构成。再进一步进行α多样性分析及β多样性分析发掘组间差异。 结果：本研究测序分析了40个样本，获得3361984条的原始序列，经程序处理后获得3204189条有效的序列，各样本的平均序列为80105条，平均读长为253bp。通过数据库的分析，门水平上检测出58种已知菌门,变形菌门、厚壁菌门、梭杆菌门、拟杆菌门、放线菌门为主要优势菌门；纲水平上检测出151种已知菌纲，Betaproteobacteria、Bacilli、Fusobactertia、undentified_Actinobacteria、Bacteroidia是主要优势菌纲；目水平上检测出215种已知菌目，Lactobacillales、Neisseriales、Fusobacteriales、Bacteroidales、Corynebacteriales是主要优势菌目；科水平上检测出404种已知菌科，Streptococcaceae、Neisseriaceae、Leptotrichiaceae、Corynebacteriaceae、Prevotellaceae是主要优势菌科；属水平上检测出866种已知菌属，链球菌属、纤毛菌属、奈瑟氏菌属、棒状杆菌属、普雷沃氏菌属-7为主要优势菌属。菌种丰富度：蒙古族高龋组（MC）高于汉族高龋组（HC），差异有统计学意义（P＜0.05）；汉族高龋组（HC）与汉族无龋组（HH）相比差异无统计学意义（P＞0.05）；蒙古族高龋组（MC）与蒙古族无龋组（MH）相比差异无统计学意义（P＞0.05）；蒙古族无龋组（MH）与汉族无龋组（HH）相比差异无统计学意义（P＞0.05）。组间差异明显的菌种：HH组和HC组差异显著的菌种：厚壁菌门、酸杆菌门、Ignavibacteriae、硝化螺旋菌门、Prevotella_histicola、颗粒二氧化碳噬纤维菌、龈炎普氏菌、昭和弯曲菌、Prevotella_nanceiensis（P＜0.05）；MH组和MC组差异显著的菌种：Abiotrophia（P＜0.05）；HH组和MH组间差异显著的菌种：龈炎普氏菌、奈瑟菌属（P＜0.05）；HC组和MC组差异显著的菌种：绿弯菌门、硝化螺旋菌门、Ignavibacteriae、Porphyromonadaceae_bacterium_COT-184_OH4590、颗粒二氧化碳噬纤维菌、昭和弯曲菌（P＜0.05）。 结论：本文从微生态的宏观角度，分析了蒙古族和汉族牙菌斑样本与龋病的发生发展的关系。说明了牙菌斑中的微生物数目和种类很多，微生物多样性高；Illumina Hiseq测序技术是一种先进的、完善的测序平台，可以满足科研需求；有龋组和无龋组微生物结构有差异；表兄链球菌、丙酸弧菌属等菌属的含量与龋病的发病率有正相关关系，而昭和弯曲菌、龈炎普氏菌等可能是龋病负相关菌属；蒙汉族之间微生物群落结构存在一定差异，奈瑟菌属、龈炎普氏菌在蒙汉族无龋组间存在差异。