北宋前期承袭晚唐五代之制，中央确立了二府三司行政体制，三省处于闲置地位。由于北宋前期各类矛盾的加剧，以及对外战争的失利，士大夫们纷纷主张按盛唐之制改革官制，复兴三省制度，以摆脱积贫积弱之势。由于最高统治者不能坚持实施，北宋前期改革官制的努力未见实效，但却为以后的改革奠定了基础。宋神宗即位后，首先任用王安石主持了富国强兵方面的变法。之后，在元丰期间，又亲自主持了官制改革，重建三省，恢复了三省制度。因神宗官制改革思想的局限性，使他不能摆脱《唐六典》与祖宗家法的束缚，元丰三省制出现了机构重叠，官冗员滥，效率低下，中书省专权，门下省失权等等弊端。北宋后期的统治者又对元丰三省制作了进一步调整，以使之适应现实需要。然而由于统治日趋腐败，党争不断，特旨、御笔盛行，三省制度渐遭破坏。北宋灭亡之后，南宋建立，因抗金斗争的形势所需，实行了三省合一，对三省所属机构也进行了省并，宰相兼领枢密使。孝宗朝又废除三省长贰名称，改称左、右丞相，掌握了民政、军政和财政诸项大权。三省的合而为一破坏了三省的制衡机制，决策速度虽有提高，但决策失误增多，朝令夕改，严重地浪费了有限的资源，无谓地加重南宋人民的负担。另一方面，三省合一又造成了相权扩张，出现了权臣专权的局面，这又进一步破坏了三省制度，三省制实际上已趋于解体，并最终随着南宋的灭亡而消亡。