资本结构作用于企业的治理效率对企业绩效产生影响，向投资者传递有关企业经营状况的有效信息。高新技术行业具有高投资、高风险、高回报的特点，其资本结构也具独特性，集中表现在其生命周期的各个阶段都需要匹配不同的资本结构，其资本结构的合理程度更直接关系到资本成本的高低，市场价值的大小和未来融资能力的优劣，市场竞争力的强弱。因此研究高新技术企业的资本结构对形成企业与利益相关者的良性互动，实现企业绩效的可持续增长具有现实意义。本文通过对代理理论及权衡理论的分析，认为我国高新技术企业的资本结构和企业绩效存在相互作用的最优区间，资本结构在理想绩效的存续空间内有待进一步调整。在引入主要以“创新资本”等四大公共因子衡量的人力资本以及以“盈利能力”等三大公共因子衡量的综合企业绩效后，采用分位数回归方法找寻在不同条件分布的企业绩效下，其资本结构中的各要素分别对企业绩效有着怎样的影响，以期选择更优的资本结构以及“双优”的范围区间。选取沪、深两市2006~2009年101家高新技术企业为样本空间，对高新技术企业的资本结构与综合企业绩效进行分位回归。实证结果表明：当高新技术企业绩效处于条件分布低端时，国有股及流通股比例的负面效应最大；股权集中度在绩效水平0.5及0.9的分位点时正向效应最显著；高管持股比例及人力资本变量对企业绩效的敏感性缺失；债务结构与企业绩效呈显著负相关；企业规模对企业绩效有积极的促进作用。最后本文提出适度减持国有股、保持合理的股权集中度、建立完善的激励机制、拓宽企业资本来源渠道及完善高新技术产业政策等优化高新技术企业资本结构，提高企业绩效的相关建议。