高校以深化高等教育综合改革为战略契机,积极探索学院内部治理结构改革的路径和方式,是全面推进“双一流”建设、促进高等教育内涵式发展、推进办学治校体系和治理能力现代化的重要方式和手段。学院治理是指在学院组织的人才培养、科学研究和社会服务等事务中,各利益相关者积极参与,实现权力的制衡与合作,最大限度地完成学院使命的过程。学院（系）是大学的重要基层组织,其变革为大学的发展提供根本动力,因此激发学院办学活力、提升学院治理能力是大学治理中最重要的内容。本文梳理了学院内部治理结构改革历程,总结了改革经验,针对当前存在的问题提出改进建议,以更好地促进学院治理改革,提升治理能力。本文以治理理论、利益相关者理论和系统理论为指导,探讨学院内部治理结构改革的相关问题。首先,根据特定时间段内的改革特点把学院内部治理结构变革分为探索奠基期、深化推进期、健全完善期三个阶段;其次,根据历史梳理情况和对重庆大学院级学术委员会建设情况的调查,总结我国高校学院内部治理结构改革的基本经验,包括逐步加强学院党的领导,推进学院治理主体多元化,重视教授治学在学院治理中的地位和作用,坚持试点先行综合推进路径,保持与国家、社会、高校改革发展的一致性等;再次,深入分析和揭示我国高校学院内部治理结构现阶段仍存在的问题和不足,包括学院内部治理的边界不够明晰、学院内部治理权力运行机制不完善、学院内部治理泛行政化现象依然存在、相关治理主体参与学院内部治理的机制不完善、学院治理制度体系还不够健全和完备等;最后,坚持问题导向,提出完善学院内部治理结构的针对性对策建议,如理顺校院两级管理体制,健全多元主体平等参与的学院内部治理结构,完善学院内部治理结构运行机制,强化以大学章程为统领的学院内部治理制度保障,促使学院治理文化精神深度觉醒,处理好内部治理与外部治理的关系,注重运用大数据等现代信息技术推进学院治理现代化等。