达乌尔黄鼠背部毛周期波及全长转录组的分析

来源 :内蒙古农业大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:hgtata
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达乌尔黄鼠属于松鼠科达乌尔黄鼠属动物,冬眠,喜独居,以植物性食物为主的杂食性动物,对农作物、牧业草场有巨大危害,又是鼠疫菌的主要携带和传播者之一,在我国多地均有分布。达乌尔黄鼠一年中有一半的时间在冬眠,冬眠有哺乳动物典型的冬眠阵特点,雌雄个体出眠高峰期相差一个月,出眠后进入交配季,分娩期25天,哺乳期可达一个月。达乌尔黄鼠冬眠时外界温度可低至2—8度,出眠的达乌尔黄鼠身体各项机能仍存在活性,经过冬天的低温后,一些寄生虫细菌等导致的皮肤性疾病有明显好转。冬眠对于达乌尔黄鼠毛被生长的影响还没有报道,本文对达乌尔黄鼠的性别的PCR鉴别、毛被生长规律以及全长转录组进行了初步观察、分析和研究,得到如下结果:一、用PCR扩增技术可以用Smc8MD与Smc8MR1、Smc8MD与Smc8MR2以及Smc8MD与Smc8MR3为上下游引物对达乌尔黄鼠的性别进行鉴别。二、达乌尔黄鼠毛被生长规律1、达乌尔黄鼠毛囊也和其它哺乳动物意一样经历了包括兴盛期、退行期以及休止期的生长周期。2、新生达乌尔黄鼠全身呈肉粉色,十天后,背部呈明显黑色,二十天后体表被毛全部覆盖,且呈明显沙黄色;三十天后,被毛明显蓬松,个体与成年个体相似。达乌尔黄鼠背毛呈现出典型的Agouti毛的特征。在整个过程中毛囊基本是全身性的同步生长。3、成年达乌尔黄鼠从第一年出眠后到第二年入眠前长两次毛,经历两次毛周期,毛周期开始是集中在本部一点或一块区域,而后向头部及四肢等四周扩散。整个过程从兴盛期到休止期需要近30天的时间,从上一次毛周期结束到下一次的周期开始,中间经历时间从20天到30天不等,而第二次的毛周期时间与第一次的毛周期时间所经历的时间相一致。与其他种类不同的是,达乌尔黄鼠背部每一次的毛周期,均从背部中间开始向四周直到扩散到接近四肢为止,不存在交替的情况,不存在线状的周期域。下一次的毛周期亦是如此。三、达乌尔黄鼠的全长转录组1、利用三代测序技术获得达乌尔黄鼠一只雄性个体不同组织分别提取RNA,等量混合构建的cDNA文库,获得达乌尔黄鼠全长转录组大小为1,997,341,369bp,高质量的转录本共93,621个。将基因注释到各数据库中,NR数据库20608个;NT数据库31683个,Uniprot数据库19719个,预测的ORF注释到Uniprot数据库14099个结果。2、GO数据库中,有76336个转录本与之对应,分为65类。其中生物过程有24342个转录本被注释,分子功能有24843个转录本被注释,细胞组成有27151个转录本被注释。对比KEGG基因库中数据,推测其生物通路层面情况,注释到21564个转录本。根据代谢途径分成了6大类。值得注意的是,这六大类中排第二的是与人类疾病相关的代谢途径,说明人类的某些疾病同样发生在达乌尔黄鼠个体。用BLAST软件默认参数将Unigene与KOG数据库比对,过滤,对筛选出来的最优结果进行注释,共注释到转录本14687个,总计25项。预测出转录因子共4268个,总计63个家族。通过对达乌尔黄鼠的转录组数分析发现,其全长转录本中存在RNA可变剪切事件和大量的冗余序列。同时分析结果表明达乌尔黄鼠可能具有独特的代谢途径。
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