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乙型脑炎病毒（Japanese encephalitis virus，JEV）是隶属于黄病毒科黄病毒属的单股正链RNA病毒。黄病毒属病毒基因组复制由与膜相关的复制复合体执行，由病毒自身编码的七种非结构蛋白、病毒基因组RNA和宿主因子共同参与，非结构蛋白NS5和NS3在其中发挥关键作用。NS5是黄病毒属病毒基因组编码的分子量最大且序列最为保守的蛋白质，其N端约三分之一为依赖硫代腺昔甲硫氨酸(S-adenosyl-L-methionine，SAM)的甲基转移酶(methyltransferase，MTase)，C端三分之二为依赖RNA的RNA聚合酶（RNA-dependent RNApolymerase，RdRP），两个功能域通过10个氨基酸残基的柔性区域连接而成。NS3是黄病毒编码的分子量仅次于NS5的第二大蛋白，其N端约170个氨基酸残基为依赖NS2B的丝氨酸蛋白酶功能域，C端约440个氨基酸残基为RNA解旋酶和RNA三磷酸酶功能域，两功能域同样由柔性区域连接而成。病毒基因组复制时，NS3解旋酶功能域参与病毒RNA链的解旋，协助NS5 RdRP完成病毒基因组的复制，而NS3 RNA三磷酸酶与NS5 MTase协同完成病毒基因组5端的加帽。研究表明NS5和NS3之间还存在直接相互作用和功能调节，但相关机制仍很不清晰。 本研究以JEVNS5和NS3为研究对象，主要利用蛋白质晶体学方法研究它们的结构、功能及不同功能域之间的相互作用。通过解析分辨率为2.6埃的JEV NS5全长蛋白质晶体结构，首次揭示了黄病毒NS5中MTase与RdRP之间的分子内相互作用细节。分析表明MTase-RdRP界面中的关键氨基酸残基在黄病毒属内高度保守，暗示晶体结构中所观测到的NS5构象与蛋白功能密切相关。本研究还解析了分辨率为1.7埃的JEV NS3解旋酶功能域的晶体结构，该结构与已报道的JEV NS3解旋酶晶体结构在构象上存在明确差异。结构比对分析表明解旋酶各结构域之间存在以旋转模式为主的相对运动，为进一步研究解旋酶各结构域之间的协同机制提供了重要依据。解析的NS5和NS3相关晶体结构，为进一步探究NS5和NS3的功能及两个蛋白各功能域间的相互作用和调节机制奠定了重要基础。