随着“创新驱动发展”概念的深入人心，研发能力作为影响创新的关键因素，已经受到国家和企业的高度重视。制药企业作为高新技术企业，研发能力的强弱直接影响其能否在竞争激烈的市场获得可持续发展，如何通过提高研发能力增强其核心竞争力，进而找到提高绩效的方法是制药企业永恒不变的主题。研发能力包括多方面，本文主要研究制药企业的研发投入和以专利申请数量表征的知识整合能力。以往研究研发活动对企业绩效影响的文献中，由于受到我国上市公司数据披露和获取的局限，以及忽略了知识整合能力这一重要因素的影响，使得研究结论的真实性和可靠性受到质疑。因此，有必要从微观角度采用口径统一的研发活动数据，将知识整合能力考虑其中，深入研究这两者对制药企业绩效的影响。本文在众多学者研究的基础上，进一步考虑知识整合能力并以专利申请数作为表征，将研发投入强度、知识整合能力作为解释变量，净资产收益率和每股收益作为被解释变量，以我国99家医药上市企业2008-2012年样本公司的面板数据为研究对象，通过建立多元线性回归模型，运用Eviews5.0统计软件分析得到以下结论：我国医药制造业在研发投入强度和专利申请数上都明显偏低；研发投入强度与企业绩效没有显著的正相关关系；代表知识整合能力的专利申请总数与企业绩效呈现正相关关系；不同质量的专利与绩效呈现出不同的相关性，发明专利对企业绩效的影响最大，实用新型专利和外观设计专利对企业绩效的影响次之。从本文的研究结果可以看出，我国的制药企业应该加大研发投入力度，提高企业研发投入转化经济效益的效率；同时，专利申请数作为知识整合能力的替代指标，在理论和实践上具有可行性，作为影响绩效的重要因素，企业应该提高其知识整合能力，在增加专利申请数量的同时，注重专利的申请质量；在专利保护和管理上也应该采取相应措施，确保我国医药制造业快速健康发展。