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本研究以分离自上海周边地区12种植物根际的104株荧光假单胞菌为研究对象，进行了表型分类，并采用16S rDNA-RFLP和REP-PCR技术，系统地研究了荧光假单胞菌的遗传多样性。 16S rDNA PCR-RFLP和REP-PCR分析揭示了荧光假单胞菌存在高度的遗传多样性。16S rDNA PCR-RFLP分析表明荧光假单胞菌存在17种遗传型，50％为遗传型1，在所用的5种限制性内切酶中，Hae Ⅲ和Hinf Ⅰ切割的带谱最丰富，是反映荧光假单胞菌16S rDNA序列差异性最有效的限制性内切酶。聚类分析树状图揭示了菌株之间更大的遗传差异及菌株的特异性。16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱聚类分析在85％相似性水平上，可将供试菌株划分为9群；REP-PCR指纹图谱聚类分析在76％相似性水平上，可将供试菌株划分为26群。REP-PCR指纹分析的分群结果更分散，16S rDNA PCR-RFLP聚在同一群内的菌株大多分布于几个不同的REP-PCR群内，揭示了供试菌株具有极大的遗传多样性，同时也说明，REP-PCR指纹图谱分析适合于荧光假单胞菌种内遗传多样性研究。根据16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱和REP-PCR指纹图谱的相似性进行的聚类分析结果与菌株的分离地和寄主相关，即分离自同一地点或同一种寄主的菌株聚为一群，表明了环境条件对荧光假单胞菌的发育和遗传分化有影响。此外，同一种寄主植物甚至相同地域来源的一些荧光假单胞菌具有较大的遗传型多样性，证明了上海周边地区的荧光假单胞菌具有极大的遗传及系统发育多样性。 总之，本文揭示了荧光假单胞菌的表型多样性以及遗传多样性，丰富了荧光假单胞菌多样性的基因库，为优良菌株的选育提供了种质资源，也为进一步研究该区荧光假单胞菌的系统分类地位奠定了基础。