中国经济已由数量驱动的高速增长阶段转化为创新驱动的高质量发展阶段。在中国实施创新驱动战略的背景下,如何有效提升区域创新效率,是中国经济高质量发展的关键。加快实施创新驱动战略,就需要发挥市场在资源配置中的决定性作用。然而,改革开放以来,中国的要素市场发展明显滞后于产品市场,出现了一定的扭曲态势,主要表现为资本市场扭曲、劳动力市场扭曲、土地市场扭曲等。要素市场扭曲会限制创新主体(企业)使用创新要素,导致其创新能力减弱,创新效率损失,进而影响整个区域的创新效率。本文在相关文献研究的基础上,详细描述了中国创新发展现状以及要素市场发展现状,构建了一个要素市场扭曲影响区域创新效率的数理模型,较为系统地给出了要素市场扭曲影响区域创新效率的传导机理。实证上,选用DEA模型测度了2003-2017年区域创新静态效率和动态效率;并采用超越对数函数法对2003-2017年资本要素市场扭曲和劳动力要素市场扭曲进行测度;基于省级层面的面板数据,采用多种计量方法实证分析资本市场扭曲和劳动力市场扭曲对区域创新效率的影响。结果表明:首先中国区域静态创新效率水平整体不高,只有少数几个地区的静态创新效率值大于0.8,动态创新效率值近几年提升了很多,创新的动力主要源于技术进步;其次资本要素市场和劳动力要素市场都存在着负向扭曲,并且资本市场扭曲程度值大于劳动力市场扭曲程度值;最后资本市场扭曲和劳动力市场扭曲都在1%的水平下显著抑制了区域创新效率的提升;这种抑制效应在中西部地区要显著大于在东部地区,在东北地区、西南地区和西北地区显著大于其他五个区域。本文可能的创新之处:在研究方法上,基于索洛经济增长模型构建了要素市场扭曲影响创新效率的数理模型,为实证分析提供了可靠的理论基础。在研究对策上,针对不同地区因地制宜提出不同的对策,如东北地区加快制造业的创新,西北地区抓住“一带一路”机遇,吸引创新企业投资等来提升各个区域的创新效率。