农村医疗保险制度是我国社会保障制度的重要组成之一。依据中国健康和营养调查(CHNS)2006年调查数据,本文应用微观经济计量方法对农村居民参保行为影响因素进行分析。研究结果表明,微观个体的年龄、身体健康状况、就业情况、家庭状况(如家庭收入,家庭人口数,家庭资产等)以及地区等因素对个体的参保行为产生显著的影响。本文建立了一个微观模拟模型,用于分析我国2008年新农村合作医疗保险制度的财政效应。微观模拟模型通过个体状态模块、参保模块、就诊模块进行状态改变和行为模拟,通过对微观个体状态的累积得出相关的宏观经济变量。研究结果表明,新农村合作医疗统筹基金在未来三年内,统筹基金收入和统筹基金支出都有所上升,而且,统筹基金差额明显降低,但是差额依旧较大。因此,新农村合作医疗制度仍需改进,可以考虑适当考虑提高报销比例,以达到提高参保率,缩小统筹基金差额的效果。本文的研究成果对于理解我国农村居民医疗保险参保行为和评价医疗保险制度改革作用效果具有借鉴意义。