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根据2010年和2011年春、秋期间采自宁德、莆田、湄洲、厦门、漳浦和东山等沿岸港湾区域的浮游植物样品，分析了福建沿岸港湾浮游植物的物种多样性、丰度、分布和多样性指数及其与环境因子的关系，探讨区域分异与浮游植物多样性的关系。主要结果如下：1.在6个区域共记录福建省沿岸港湾浮游植物212种；其中出现于宁德的有63种：出现于莆田的有110种；出现于湄洲的有86种；出现于厦门的有100种；出现于漳浦有95种；出现于东山有106种。2.宁德的浮游植物优势种为具齿原甲藻（Prorocentrum dentatum）、中肋骨条藻（Skeletonema costatum）、具槽帕拉藻（Paralia sulcata）、叉分角藻（Ceratiumfurca）、汉氏束毛藻（Trichodesmium hildebrandtii）、有翼圆筛藻（Coscinodiscusbipartitus）；莆田为旋链角毛藻（Chaetoceros curvisetus）、具槽帕拉藻、丹麦细柱藻（Leptocylindrus danicus）、新月菱形藻（Nitzchia closterium）、笔尖根管藻（Rhizosolenia stylilformis）、中肋骨条藻；湄洲为中肋骨条藻、派格棍形藻（Bacillaria paxillifera）、尖刺拟菱形藻（Pseudonitzchia pungens）、丹麦细柱藻、新月菱形藻、具槽帕拉藻；厦门为中肋骨条藻、旋链角毛藻、格氏圆筛藻（Coscinodiscus granii）、柔弱拟菱形藻（Chaetoceros debilis）、具槽帕拉藻、菱形海线藻（Thalassionema nitzschioides）；漳浦为中肋骨条藻、具槽帕拉藻、尖刺拟菱形藻、锥状斯氏藻（Scripssiela trochoidea）、太平洋海链藻（Thalassiosirapacifica）、菱形海线藻;东山为中肋骨条藻、旋链角毛藻、洛氏角毛藻（Chaetoceroslorenzianus）、斯氏几内亚藻（Guinardia striata）、丹麦细柱藻、圆海链藻（Thalassiosira rotula）。3.宁德浮游植物的总丰度平均为6235.60×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为60.30×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为3055.92×10~2cells/dm~3，金藻丰度平均为0.05×10~2cells/dm~3，蓝藻丰度平均为1.92×10~2cells/dm~3；莆田浮游植物的总丰度平均值为256.30×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为125.54×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为2.05×10~2cells/dm~3，金藻丰度平均为0.18×10~2cells/dm~3，蓝藻丰度平均为0.19×10~2cells/dm~3；湄洲浮游植物的丰度平均值为3899.20×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为2397.21×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为2.44×10~2cells/dm~3；厦门浮游植物的总丰度平均值为468.30×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为23.04×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为4.67×10~2cells/dm~3，金藻丰度平均为0.38×10~2cells/dm~3；漳浦丰度平均值为543.50×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为249.61×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为21.83×10~2cells/dm~3，金藻丰度平均为0.13×10~2cells/dm~3；东山丰度平均值为704.20×10~2cells/dm~3，其中，硅藻丰度平均为419.72×10~2cells/dm~3，甲藻丰度平均为2.62×10~2cells/dm~3，金藻丰度平均为0.08×10~2cells/dm~3，蓝藻丰度平均为0.10×10~2cells/dm~3。4.春季，物种多样性指数以东山（H’=3.06）最高，湄洲（H’=3.03）次之，宁德（H’=1.15）最低，其它区域依序分别为漳浦（H’=2.68）、厦门（H’=2.40）和莆田（H’=2.30）；秋季，物种多样性指数以东山（H’=3.66）最高，湄州（H’=3.65）次之，厦门（H’=2.56）最低，其它区域依序分别为漳浦（H’=3.23），宁德（H’=2.83），莆田（H’=2.58）。5．多样性指数与水质的相关分析表明：春季，研究区各区域多处于中度污染水质，秋季则多属于轻度污染水质。6.浮游植物的种数、物种多样性指数和匀均度呈北低南高的沿纬度分布趋势，大陆迳流、浙闽沿岸流、粤东沿岸流和海峡暖流各水系的消长与各区域浮游植物种群与群落的演替密切相关，表明水环境的异质性对浮游植物群落结构区域分异的影响与作用。。