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小黑麦(Triticale Wittmack)由小麦属(Triticum)和黑麦属(Secale)物种经属间有性杂交人工培育成的优良饲草,成为世界畜牧业发展的一种新型饲料作物,在饲草生产中取得了显著经济利益。本试验利用性状差异较大的2个小黑麦品系为亲本进行杂交,获得了包含66个株系的F1群体和包含184个株系的F2群体。以F2分离群体为作图群体,利用ISSR分子标记技术构建了小黑麦遗传连锁图谱,并对草产量相关性状和抗锈病基因进行QTL定位分析,为小黑麦基因克隆和育种改良提供理论依据。主要研究结果如下:通过对小黑麦杂交F1代进行ISSR扩增和田间鉴定,结果表明:66个小黑麦杂交F1代中可继续作为试验材料共有46个。46个杂交F1代单株和父母本的遗传相似系数变化范围为0.62~0.94之间。根据遗传相似系数,可将48份材料分为3大类,第1类为父本(P2),第2类为母本(P1),第3类包括46个F1代群体。利用ISSR分子标记筛选得到的14对多态性引物对小黑麦F2代群体进行扩增。以基因型数据为基础,运用Joinmap4.0作图软件对小黑麦F2代群体进行遗传连锁分析,构建了1张遗传连锁图谱,该图谱包含7个连锁群(分别命名为LG1~LG7),连锁图谱总共有92个位点,标记间平均距离为5.90 cM,图谱总长度为542.9 cM。小黑麦F2群体184个单株草产量相关性状和锈病抗性的田间表型鉴定结果表明,草产量相关性状和锈病抗性在F2群体中呈连续变异,分布频率大致接近正态分布,是一个适合遗传作图的群体,可用于QTLs定位。运用MapQTL6.0软件,对小黑麦草产量相关性状(株高,分蘖数,单株生物量)和锈病抗性进行QTL定位分析,共检测到23个相关性状QTL,分布在7个连锁群上,平均每个连锁群3.3个。QTLs在7个连锁群分布不均匀,控制株高的QTL有5个,分布在3个连锁群(LG2,LG3,LG7)中,贡献率为6.7%~13.2%;控制分蘖数的QTL有7个,分布在4个连锁群(LG1,LG2,LG4,LG5)中,贡献率为5.4%~15.4%;控制单株生物量的QTL有5个,分布在4个连锁群(LG1,LG2,LG4,LG5)中,贡献率为7.4%~12.4%;控制锈病抗性的QTL有6个,分布在5个连锁群(LG1,LG3,LG4,LG5,LG6)中,贡献率为5.1%~11.2%。