建立等位基因特异性锁核酸实时荧光定量PCR检测HBV YIDD耐药突变及其临床应用评价

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目的1.建立等位基因特异性锁核酸实时荧光定量PCR(RT-AS-LNA-qPCR)检测HBVYIDD耐药突变,评价其性能特点和临床应用价值。2.监测HBsAg浓度在恩替卡韦(ETV)治疗的HBeAg阳性的慢性乙型肝炎(CHB)患者血清中的动态变化,探讨其对治疗反应的预测价值。方法1.建立RT-AS-LNA-qPCR检测HBV YIDD耐药突变1.1RT-AS-LNA-qPCR建立包括反应体系组成、扩增条件、质粒标准品制备、标准曲线制备等。1.2RT-AS-LNA-qPCR方法学评价用RT-AS-LNA-qPCR检测重组野生、突变质粒标准品(1×1010copies/μl~1×101copies/μl),评价其线性范围、灵敏性、特异性、重复性、准确性及突变型HBV DNA检测灵敏度等。1.3方法学比较自建方法与测序法平行检测临床样本,通过Kappa一致性检验、Pearson相关分析等统计分析进行性能比较;用克隆测序(金标准)法检测已用自建方法所检测出的含低水平突变DNA的临床样本,验证所建方法的准确性。1.4RT-AS-LNA-qPCR临床应用价值评价用自建方法检测含不同比例突变的临床混合模板,确定其能稳定、准确检测出的最低突变比例,评价用于临床样本检测的灵敏度;用自建方法动态监测HBV野生株和突变株在患者体内的比例变化,评价其在少量突变检测中的临床应用价值。2. HBsAg定量对HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者恩替卡韦治疗反应的预测价值2.1临床病例和检测指标选择接受ETV治疗(0.5mg/d)的HBeAg阳性CHB患者26例,并进行1年的随访研究;分别于各CHB患者抗病毒治疗的0、3、6、9、12个月收集血清;化学发光法定量检测各时间点的HBsAg、HBeAg浓度;实时荧光PCR定量检测血清HBVDNA载量。2.2ROC曲线分析用ROC曲线分析HBsAg定量对HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者恩替卡韦治疗反应的预测价值,坐标点分析确定其最佳临界值。结果1.建立RT-AS-LNA-qPCR检测HBV YIDD耐药突变1.1成功建立RT-AS-LNA-qPCR成功制备了质粒标准品以及标准曲线;确定了反应体系的组成以及扩增条件。1.2RT-AS-LNA-qPCR方法学评价RT-AS-LNA-qPCR检测野生型、突变型标准质粒的线性范围均为1×109copies/μl~1×102copies/μl;检测下限均为1×101copies/μl;批内和批间变异系数(CV)在0.29%~2.72%之间;RT-AS-LNA-qPCR在1×109copies/μl、1×107copies/μl、1×105copies/μl野生背景下的突变检测灵敏度分别为10-6、10-4、10-2。1.3方法学比较RT-AS-LNA-qPCR和市售优秀HBV耐药突变测序检测试剂盒检测结果的完全一致率91.2%(93/102),部分一致率8.8%(9/102),未发现完全不一致(0/102),两法一致性好(Kappa=0.676, P=0.000)。克隆测序检结果与RT-AS-LNA-qPCR完全一致。1.4RT-AS-LNA-qPCR临床应用价值评价RT-AS-LNA-qPCR用于临床样本检测的灵敏度为0.03%;RT-AS-LNA-qPCR灵敏度高,可用于HBV耐药突变的早期检测。2. HBsAg定量对HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者恩替卡韦治疗反应的预测价值2.1ALT、HBV DNA、HBsAg检测结果17例患者发生病毒学应答(VR+),9例未发生病毒学应答(VR-);基线ALT水平VR+组[(141.82±77.29)IU/ml]与VR-组[(134.2±49.76)IU/ml]无明显差别(t=0.27, P=0.793);HBV DNA VR+组[(6.76±1.00)lgIU/ml]明显低于VR-组[(7.65±0.87)lg IU/ml](t=-2.27, P=0.033)。HBsAg浓度VR+组[(3.79±0.61)lg IU/ml)]与VR-组[(4.19±0.43)lg IU/ml]无明显差别(t=-1.75, P=0.094);HBsAg浓度与HBV DNA水平呈正相关(r=0.45,P=0.02)。HBsAg在治疗开始的前3个月下降较快,3个月后下降较缓慢。从基线到治疗3个月时,VR+组HBsAg平均下降(0.32±0.29)lg IU/ml,VR-组下降(0.14±0.10)lg IU/ml,差异具有统计学意义(t=2.245, P=0.035)。2.2ROC曲线分析治疗3个月时lg HBsAg浓度的ROC曲线下面积最大(AUC=0.840, P=0.005),临界值3.8650lg IU/ml的Youden指数最大(0.602),其诊断敏感度为82.4%,特异度为77.8%。结论1.成功建立了RT-AS-LNA-qPCR检测HBV YIDD耐药突变。该技术线性范围宽、灵敏度高、特异性强、重复性好、检测下限低,优于传统的直接测序法,适合于临床实验室推广应用。2. ETV治疗3个月时lg HBsAg≤3.8650IU/ml可作为预测ETV治疗1年病毒学应答的指标。
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