第二代高通量测序技术在生物学领域的应用,显著促进了人们对基因组全面了解和认识。然而至今,有关猪脂肪组织形成机制以及基因调控作用等尚不明确。所以,为全面解析猪脂肪组织发育过程不同基因的表达情况以及其作用方式,本研究构建了不同品种和不同发育阶段猪脂肪组织基因表达文库,采用第二代测序技术检测三个文库的基因表达谱,并筛选出不同品种间和不同发育阶段间猪脂肪组织中表达的差异基因,对其功能进行聚类,pathway通路分析,并进行了新转录本预测。TCTP首次在肿瘤细胞中被发现,随后在各种正常组织中也检测到。本研究通过对三个脂肪基因文库进行差异基因筛选时发现,TCTP在各文库间表达显著差异,丰度高,但TCTP在猪上的功能研究特别是在脂肪沉积方面的研究还未报道。为了全面了解TCTP在猪脂肪沉积中的作用,我们利用实时定量PCR进行了TCTP表达谱检测,采用RNA干扰技术在脂肪细胞中沉默,研究其在猪脂肪细胞增殖分化过程中的作用,并结合生物信息学分析,初步了解TCTP在脂肪沉积中的生物学功能。上述研究获得以下主要结果:1.由成年瘦肉型猪、成年脂肪猪和初生脂肪型仔猪三个脂肪组织基因表达文库分别获得高质量序列读数3,562,453、3,524,793、3,762,623条,其中初生小猪脂肪组织基因表达文库所获得的序列读数高其它两文库20万条左右。而成年瘦肉型猪、成年脂肪型猪和初生脂肪型仔猪三个脂肪组织基因表达文库高质量序列的种类分别为89782、98467、72881种,成年脂肪猪表达序列种类最高,而初生仔猪最低。2.把三个文库中高质量序列与猪参考基因数据库进行序列比对,成年瘦肉型猪、成年脂肪型猪和脂肪型初生仔猪分别比对到猪参考基因的tags数分别为2,817,553、2,869,303和2,889,733,比对效率分别为79.09%、81.4%、76.8%。3.在瘦肉型猪和脂肪型猪两个基因表达文库中筛选出1596个显著差异基因,其中有887个表达量上调,709个下调, 84个显著差异基因仅在脂肪型猪中表达,95个显著差异基因仅在瘦肉型猪中表达;在初生小猪和成年猪间筛选出4403个显著差异的基因,其中有2064个表现上调,2339个表现下调,642个差异基因仅在成年猪表达,有618个差异基因仅在小猪中表达。其三文库中筛选出的共有差异基因为574个。4.成年瘦肉型猪、成年脂肪型猪和初生脂肪型仔猪基因表达谱文库中含有反义链转录本,分别占总文库的11.66%、12.74%和10.2%,正义链转录本在三个基因表达谱文库分别占67.43%、68.55%和66.61%,正义链转录本和反义链转录本的相对比值在三个表达谱文库中具有相似的趋势,在三个基因表达谱文库中所有比对上的正义链转录本与反义链转录本均为6:1左右。5.将三个基因文库中不能比对到参考基因和线粒体基因组的clean tag比对到核基因组,给出clean tag能唯一比对上的核基因组区域,结合相关文献,判断相关区域是否存在之前未发现的新转录本,预测了2万多个定位在猪基因组上不同的新转录本。6.差异基因GO功能注释,发现不同品种间的差异基因在细胞所处的位置方面显著富集的条目有13个,不同发育阶段间的差异基因在细胞所处的位置方面显著富集的条目有42个;在分子功能方面,不同品种间显著差异基因只有一个电子载体功能条目显著富集,在不同发育阶段间显著差异基因在12个分子功能方面富集;参与的分子过程方面,不同品种间显著差异基因参与的分子过程有一个抗应激过程被富集。在不同发育阶段间有26个差异基因参与的分子过程被富集。7. Pathway通路分析表明,在猪的不同生长阶段,差异基因显著富集的pathway通路12个,在猪的不同品种间差异基因有5种信号通路富集。8.瘦肉型猪和脂肪型猪间差异基因在与脂肪沉积有关的Notch信号通路、MAPK信号通路、PPAR信号通路、Hedgehog和脂肪酸生物合成信号通路、脂肪细胞因子信号通路、胰岛素信号通路、WNT信号通路中分别有6、20、13、3、5、6、9个。9.大猪和小猪间差异基因在与脂肪沉积有关的Notch信号通路、MAPK信号通路、PPAR信号通路、Hedgehog和脂肪酸生物合成信号通路、脂肪细胞因子信号通路、胰岛素信号通路、WNT信号通路中分别有15、45、22、3、13、28、25个。10. TCTP在成年瘦肉型猪和初生小猪脂肪组织中表达高于成年脂肪型猪脂肪,在肝中表达量最高,依次为肌肉、心脏、脂肪等,在脾中表达量较低,通过对猪脂肪细胞进行时序测定发现,TCTP在猪脂肪细胞增殖时表达量增加,随着脂肪细胞的分化,其表达量下降。11.通过对脂肪细胞中TCTP进行沉默,发现促进了脂肪细胞的成脂,上调了脂肪细胞标志基因PPARγ、C/EBPα、SREBP-1c的表达量。总之,本研究获得了高通量的猪脂肪组织基因表达谱,更加全面了解了猪脂肪组织中基因的表达。同时,也提供了对TCTP生物学功能的较为全面的认识。