枯草杆菌组氨酸降解途径中四个酶的晶体结构研究

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在枯草杆菌代谢过程中,组氨酸(histidine)经过四步酶促反应降解生成氨(NH4<+>)、谷氨酸(glutamate)和甲酰胺(formamide)。第一步,组氨酸在组氨酸酶(HutH,histidase)的催化下脱氨生成尿刊酸(urocanate)。第二步,尿刊酸在尿刊酸酶(HutU,urocanase)作用下水解生成咪唑酮丙酸(IPA,4-imidazolone-5-propionic acid)。第三步,IPA由咪唑酮丙酸酶(HutI,imidazolonepropionase)催化水解生成甲亚氨基谷氨酸(FGA,N-formimino-L-glutamic acid)。第四步,FGA在甲亚氨基谷氨酸水解酶(HutG,formiminoglutamase)的作用下水解生成谷氨酸和甲酰胺。最后谷氨酸在谷氨酸脱氢酶的作用下经α-酮戊二酸进入三羧酸循环;甲酰胺直接进入一碳循环。 枯草杆菌的hutH、hutU、hutI和hutG基因被克隆到pET-21-DEST或pET28a中,在大肠杆菌BL21(DE3)或BL21(DE3)pLysS菌株中过量表达。蛋白经纯化后进行晶体生长筛选,四个蛋白都得到了晶体。 HutU蛋白晶体在德国汉堡同步辐射EMBL实验站BW7A光束线上收到分辨率为2.2A衍射数据,用分子置换方法得到相位,最终HutU模型的R因子和R<,free>因子分别是20.5%和25.6%。 HutI硒代蛋白晶体也在EMBL实验站BW7A光束线上收到数据(2.0A),用SAD方法得到相位,模型的R因子和R<,fiee>因子分别是:18.8%和22.1%。用共结晶的方法,得到了HutI和底物类似物(14AA)的复合物晶体,根据HutI、HutI-14AA结构及计算机模拟计算,提出了HutI可能的催化机理。 HutG的相位用MAD方法定出,模型的R因子和R<,fiee>因子分别是:20.2%和26.2%。用软件DOCK将底物模拟到活性中心,并结合与PDB数据库中精氨酸酶的结构比较,提出了HutG可能的催化机理。 枯草杆菌中所有结构未知的TetR家族成员或类似TetR家族成员的基因也被克隆到表达载体。克隆的16个基因中有15个表达,14个蛋白具有一定的可溶性,其中5个蛋白长出晶体,目前已解出两个结构。
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