氢化酶体是厌氧原虫或真菌细胞内的亚细胞结构,可通过丙酮酸代谢产ATP和分子氢,现有的研究认为氢化酶体与线粒体具有共同的起源。蛋白组分的确定对深入了解质体的生化代谢和进化过程有重要的意义。虽然目前已有多种分子生物学、蛋白组学和计算预测的方法应用于线粒体蛋白的定位分析中,但氢化酶体相关领域的研究进展却相对缓慢。本文在氢化酶体和线粒体进化关系和蛋白转运机制的研究基础上,通过归纳线粒体蛋白与氢化酶体蛋白导肽共有的生物学特征,运用简单规则和特异性模式构建与搜索的方法,对阴道滴虫的氢化酶体蛋白进行预测,为进一步通过实验方法鉴定氢化酶体蛋白提供了有效的候选蛋白。应用本文提出的HdPred方法共预测获得70个可能的氢化酶体蛋白,对该结果的深入评价发现,其中50%的组分通过实验方法或在其它预测方法得到了确认,表明该方法能较为有效地对氢化酶体蛋白进行富集。本文的研究报道了多个能量代谢相关的氢化酶体蛋白,进一步说明了氢化酶体在能量代谢过程中的重要作用,同时本文的方法发现氢化酶体中可能具有的脂肪酸代谢相关的组分,为全面了解该质体的生化代谢途径提供了明确的目标基因。此外,通过比较不同方法对导肽序列的预测结果,显示本文采用的方法在导肽序列的预测上具有更高的准确性。本文首次全面地对线粒体蛋白导肽的起源和进化方式进行归纳,并按照其起源方式分为外源性获得和自身起源两个类型。在蛋白质组学对阴道滴虫的氢化酶体蛋白鉴定结果的基础上,本文对其中Hsp60蛋白的导肽的起源和进化进行了探讨,分析表明其导肽可能通过基因水平上的复制获得,从而对现有关于导肽起源的研究进行了有益的补充。