番茄果实颜色主要由类胡萝卜素和类黄酮决定。番茄果实绿色条斑(green strip,gs)会导致成熟果实表皮特定的条斑花纹,因而外观收到消费者的喜爱。利用集团分离分析(Bulked Segregation Analysis,BSA)的方法能在较短时间内获得只与目标性状关联的两个基因池,再结合测序分析和分子标记进行分析,快速定位gs基因。番茄茎粗(StemDiameter,SD)是影响植株长势和抗倒伏的重要因素。番茄的茎具有支持、运输、储藏等功能,主要由表皮、皮层、维管束和髓组成;维管形成层的不断分裂使得茎加粗,其向内形成初生木质部,向外形成初生韧皮部。本实验室对360份番茄核心种质进行全基因组测序,测量了 279份材料的茎粗进行关联分析,候选控制茎粗性状基因sd,并作功能鉴定。主要结果如下:1.利用条斑果番茄系PK与着色均匀果番茄系M82为亲本构建了一个含有627棵单株的F2分离群体,果实红熟期进行表型鉴定。经卡方分析,得出条斑性状为单基因控制的隐性性状。挑选条斑果与均匀果植株构成两个分离池,进行BSA测序分析,比对两个DNA池中的SNP频率差异,候选出ASNP index>0.6的SNPs,范围在7号染色体的一个7 Mb的区段。2.根据分析结果,设计了 21对引物并从中筛选出9对多态性CAPS标记进行辅助验证,通过进一步定位gs,发现gs基因的物理位置区间。结合BSA结果与分子标记连锁验证结果得出gs基因候选区段为1.3M的物理区间。这个范围内两亲本间有15个差异SNPs,分析它们所位于的基因编码区并造成碱基差异的基因,将这些基因作为候选。3.GWAS关联到的茎粗相关的SNPs位于9号染色体上,筛选出LeadSNP上下游50 kb范围内的基因,候选了包含Lead SNP位于编码区并预测造成编码氨基酸变异的sd1基因。通过对sd1的表达模式分析得出不同材料茎粗的变化不是由sd1转录水平改变导致,而是由编码氨基酸的差异造成。4.粗茎材料A57的sd1 gDNA在极细茎番茄LA1589中的超量表达,导致TO代植株茎部分显著变粗,而在粗茎材料A57中对该基因干涉表达,TO代植株的茎全部显著变细,这说明sd1是调控番茄茎粗的效应基因。而通过观察转基因材料和对照材料的茎横切片,我们发现决定植物茎粗细主要原因是中间髓部分的直径差异,也与茎皮层的细胞数目有一定关系。