随着海峡两岸经贸交流和人民往来日益频繁,两岸之间的跨境犯罪也逐渐增多,从而阻碍两岸和平发展的进程。所以加强海峡两岸司法互助,共同打击犯罪是两岸交流合作的现实需要。由于海峡两岸历史遗留的问题,致使两岸司法互助具有自身的特殊性。两岸司法互助完全是一个主权国家内部的司法协作问题,它属于同一个国家内部不同法域之间的区际司法协助。2009年4月26日海协会与海基会在南京举行了“江陈会谈”,会中签署《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》,深化了两岸在共同打击犯罪以及司法互助上的合作。本文以《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》为分析出发点,对“协议”在文本上的不足、及“协议”在实施中会遇到的问题进行分析,并对两岸司法互助实务中针对两岸跨境有组织犯罪、两岸跨境毒品犯罪、两岸司法文书送达、两岸司法调查取证与证据采信制度、两岸民商事裁决的认可与执行等问题进行研究。