随着经济的日益发展和企业间竞争的加剧，企业的成长性受到更多的关注。特别是科技的发展及国家自主创新战略的提出，对我国的高科技企业发展既是一个机遇，也是一个挑战。为了给中小型新兴企业、特别是高成长性科技公司提供融资渠道和成长空间，我国于2009年在深交所设立了创业板市场。创业板市场在上市条件、公司治理、信息披露、保荐制度以及退市制度等方面和主板市场有较大区别，是对主板市场的有效补给，在资本市场中占据着重要的位置，其最大的特点是低门槛进入，严要求运作，有助于有潜力的中小企业获得融资机会，促进企业的发展壮大。　　 上市公司披露的财务报告，单纯从数据来看，还不能直接说明企业的财务状况，尤其是不能说明企业经营情况的好坏和经营成果的高低，因此，如何正确理解和使用上市公司对外提供的财务信息，高效准确地解读财务报表，以了解公司真实的财务状况和经营成果是非常重要的。财务分析，就是以报表资料及其他相关资料为依据，通过收集整理公司财务报告中的有关数据，并结合其他有关信息，对企业等经济组织过去和现在的筹资活动、投资活动和经营活动进行分析与评价，为企业的投资者、债权人及其他利益相关者评价企业过去、反映企业现状、估价企业未来，做出正确的投资决策提供有用的信息或依据。因此，对在创业板上市的高科技公司与在主板上市的高科技公司进行财务比较分析具有重要意义。　　 本文采用归纳、分析、比较等规范研究方法，以2009年在我国主板上市的15家高科技公司与同年在创业板上市的15家高科技公司作为研究对象，进行了财务状况比较研究，主要涉及上市公司的偿债能力分析、盈利能力分析、资产管理与营运能力分析、现金流量分析等方面，并采用杜邦体系进行了财务综合分析和业绩评价。通过对主板和创业板上市公司的财务状况比较研究，发现主板上市公司的偿债能力低于创业板上市公司；创业板上市公司过高的流动比率反映了创业板市场的超募现象比较严重；主板上市公司对公司总资产的利用效率较高，但由于主板上市公司的销售成本和财务费用过高，导致主板上市公司总资产的盈利能力不及创业板上市公司；创业板上市公司的经营效果较好并且其运用资产获取现金的能力也较强。财务分析结果表明，创业板市场存在着严重超募以及超募资金利用不充分现象，主板市场的成本费用过高现象。针对超募现象，本文从发行人层面、市场层面和制度层面分析了其形成原因，并在我国的新股发行制度、保荐机构的监管以及超募资金使用等方面提出了相关建议。