生物多样性保护是近年来法学研究中的热点问题，其重要性首先在环境法领域中突显出来，《生物多样性公约》（CBD）的缔结是其里程碑。CBD对生物多样性的保护主要是生态保护，由于它赋予主权国家控制其基因资源的主权权利，把基因资源拟制为稀缺资源，又鼓励生物多样性组成成分的利用并分享其产生的利益，因此，实际赋予具有实际或潜在价值的生物资源以财产的法律地位。从这个意义上说，CBD提供了一种有形财产权保护模式。但是，因其制度设计的局限，如鼓励生物多样性组成部分的利用并分享其产生的利益，又没有明文规定不遵守事先知情同意和利益共享原则的法律后果；允许对生物资源进行环境目的的合理使用，又没有将主权范围及于基因资源的衍生物，从而可顺理成章地采集基因资源的样品并从中分离其活性成分，所以，CBD实际上不能真正制止生物盗版。这就促使我们思考一个现实的问题：如何更加有效地保护基因资源以制止生物盗版？值得注意的是，近年来生物多样性保护的新趋势和知识产权领域的新发展给我们思考和解决这一问题提供了新的思路，这就是用知识产权来保护生物多样性。用知识产权来保护生物多样性有两种思路：一种思路是将生物多样性作为知识产权保护的新客体，另一种思路是用现行的知识产权制度保护生物多样性，这两种思路客观上都有助于制止生物盗版。第二种思路是Trips协议所允许的，但与CBD的规定存在潜在的冲突。本课题选择CBD和Trips协议作为主要的法律基础，从有形和无形两个方面构建生物多样性的法律保护机制，旨对生物多样性提供更周全的保护。同时，对CBD和Trips的潜在冲突进行研究，并提出解决方案。本课题分为六部分。导言部分论述了本课题选择CBD和Trips协议作为主要的法律基础来构建生物多样性法律保护机制的动机和原因。第一章对生物多样性进行界定，指出生物多样性是指所有生长源的有机生命组织体的多变性，包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，并对生物多样性和传统知识、CBD意义上的生物多样性和Trips协议意义上的生物多样性（实质上就是生物学意义和生态意义上的生物多样性与知识产权法意义上的生物多样性）进行比较和区分。阐述了生物多样性的法律性质，即人类共同遗产说、稀缺资源说和财产说，进而阐明为什么要保护生物多样性，其一是出于环境和发展目的，要制止破坏性的生物勘探，同时保存生物多样性是促进发展的一种手段，其二是出于公平考虑，由于传统的占有和报酬体制，生物多样性产生的价值不能得到承认和补偿，更重要的是要制止另一种形式的不当占有---生物盗版。最后从有形和无形两个方面构建了生物多样性的法律保护机制。第二章论述了CBD遵循可持续发展的理念和可持续利用原则及预警原则，从原生境保护和非原生境保护两个方面保护生物多样性并设计了具体的实现机制，最重要者当属基因资源的国家主权控制、缔约方或土著或地方社区的事先知情同意和提供者的参与机制以及利益分享机制，同时还有一些附属机制和预防机制，如技术的获取和转移、信息交流和科技合作。最后从积极和消极两个方面评述CBD保护模式的利弊得失。 <WP=5>第三章论述了Trips协议对生物多样性的保护。首先对Trips协议的生物多样性保护条款进行规范性分析，指出由于27条本身是包含性质的（under—inclusive nature），因此其排除事由不是绝对的，而是可选择的，WTO成员可以对某些类型的生命形式和生命方法授予专利，接着分析了与生物多样性专利保护有关的公共秩序和伦理道德问题。接着介绍了生物多样性保护的两种思路，即将生物多样性作为知识产权保护的新客体和用现行的知识产权制度保护生物多样性，重点论述了用现行知识产权制度保护生物多样性尤其是基因资源的知识产权保护。植物基因资源是基因资源中最为重要且使用最为广泛的，也是Trips协议规定必须予以保护的客体，专利权和植物新品种权是两种最重要的保护方式。论文还对Trips协议未明确规定但可推断其未予禁止的生物基因的专利保护进行研讨，首先分析了生物技术发明专利保护的理论变迁过程（同样适用于植物新品种的专利保护），重点介绍了自然产品理论和可控制的自然力与人类智力介入说，接着依据可控制的自然力与人类智力介入说分析了生物基因可专利性的特殊问题。第四章论述了CBD和Trips的联系、潜在冲突及其解决，指出CBD和Trips协议没有明显的法律冲突，总体上是相互支持的，并通过生物多样性的原生境与非原生境保护和利用建立起法律联系，但CBD中主权控制的法定要件与Trips协议中可专利性要件和CBD中非正式革新与Trips协议中正式革新两个方面存在潜在的法律冲突，进而依据一些国家和地区专利法的立法范例，指出应通过“来源公开” 解决 CBD与Trips之冲突。“来源公开”在Trips协议中没有明文规定，应通过修改Trips协议使“来源公开”见诸条文。通过分析“来源公开”在Trips协议的地位和效力，本文提出应将“来源公开”作为专利权的实施条件，而不应作为专利权的授权条件或有效性要件。余论部分对论文进行了总结，并提出尚待继续研究的问题。