近十几年来，战略联盟的数量迅猛增长，现已成为企业获取市场竞争优势的重要手段。然而，联盟企业间的合作常会陷入个体利益与其他成员利益或集体共同利益相冲突的合作困境，从而导致其以极高的速率解体。鉴于企业战略联盟高速增长和高失败率并存的此种商业实践背景，剖析战略联盟企业间的合作机制犹显迫切和必要。既有研究包括交易成本理论、资源基础理论以及社会交换理论等在内的诸多理论流派，分别立足于不同的研究层面对本选题的研究做了大量有益贡献，但仍存在颇多不足之处：1)不能很好契合战略联盟企业间合作的动态性、过程性特点；2)将企业个体微观层面与战略联盟群体宏观层面结合，探讨联盟动态合作演化过程的研究鲜为少见。企业战略联盟可以被视为是一个由诸多企业在彼此交互博弈中学习和积累经验，并根据学到的经验改变自身行为方式以适应环境，达到联盟目标的复杂适应系统，具有自组织演化的特性。因此，本文基于自组织演化视角，将微观的企业个体行为与宏观的联盟群体行为结合起来，综合运用复杂适应系统理论及多Agent建模仿真方法、演化博弈理论及方法等，构建了战略联盟企业间合作的理论方法分析框架。以合作伙伴选择策略、合作的策略选择、惩罚性合作规范机制、空间合作结构形成机制这四个具体侧面为研究对象，比较系统地研究了隐藏在不同合作情境背后的动态过程、产生根源及如何突破合作困境的可行性和具体途径等机制，这对于企业战略联盟如何在实际运营管理中摆脱合作困境，具有重要理论创新和应用指导价值。论文的主要工作如下：(1)围绕战略联盟企业间的合作伙伴选择策略问题进行了研究。通过对生产战略联盟中，盟主企业如何选择合作伙伴的自组织过程进行分析，构建了战略联盟企业间合作伙伴选择的自组织模型。设计了仿真模型的交互策略机制，并通过内嵌进化遗传算法进行了合作伙伴的适应度优选排序搜索。实例仿真验证了模型方法的适用性和有效性。研究结果为生产合作伙伴的快速有效选择提供了科学的决策依据。(2)围绕战略联盟企业间合作的策略选择问题进行了研究，包括：1)针对战略联盟企业间合作利益分配的策略选择问题，构建了合作利益分配博弈模型。分一次性和重复性两种合作情境进行了自组织演化分析，重点探讨了重复性合作中，在考虑利益的时间价值后，企业的不同触发策略选择对联盟利益分配机制的影响及原因。数值模拟分析验证了所得出的6个结论能够切实指导联盟利益分配协议更趋合理的签订；2)进一步将研究背景扩展到企业战略联盟的外部环境，探讨了市场诚信因素对战略联盟企业间合作的策略选择影响。构建了不同诚信形态的战略联盟企业间随机匹配博弈模型。针对诸多适合用鹰鸽博弈和牡鹿博弈进行描述的合作情境，扩展了经典囚徒博弈困境下的策略选择研究，通过6种策略的对比，分别具体分析了不同合作情境在不同诚信形态下的自组织演化过程。仿真研究得出的结论为企业战略联盟响应外部市场环境，提供了策略选择的依据。(3)围绕战略联盟企业间的惩罚性合作规范机制问题进行了研究，包括：1)构建了带惩罚约束的战略联盟两企业间合作博弈模型。通过具体分析不同合作情境中，企业间行为策略的演化稳定性过程，深入探讨了不同的惩罚力度在促进企业战略联盟自组织演化过程中的重要作用。数值仿真的结果验证了所得出的结论能够为战略联盟企业间合作协议的顺利签订，提供可量化的惩罚实施参考依据；2)进一步将研究背景扩展到大规模企业战略联盟群体中，思考了联盟中存在的可以增强惩罚的两种合作规范机制：规范的内化和专用性投资。以此构建了带利他性惩罚的战略联盟企业间公共品博弈模型，深刻剖析了这两种机制对利他性惩罚行为演化影响的作用机理。模型分析和仿真结果均表明它们确实能够增强惩罚，从而在促进企业战略联盟的自组织演化过程中发挥了重要作用。(4)围绕战略联盟企业间的空间合作结构形成机制进行了研究。通过对集群战略联盟中，聚集在空间结构上，企业间竞争与合作的自组织协作动力进行分析，构建了战略联盟企业间的空间合作博弈模型。设计了仿真模型的协作交互机制，深入剖析了不合作者的诱惑得益、企业合作者密度、企业邻域结构、企业空间密度这四个因素与集群联盟自组织协作行为在空间结构上的相互关系及形成机制。研究结论为市场层面的经营决策管理者和政府层面的政策制订者提供了有价值的对策建议参考。