肺腺癌基因表达谱分析及CDC20、TOP2A表达的临床意义

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目的:肺腺癌(ADC),作为非小细胞肺癌(NSCLC)的一个组织学亚型,占所有肺癌确诊病例的40%,也是肺癌中最常见的组织学类型。本研究通过对GEO及TCGA肺腺癌基因表达谱的分析,挖掘出与肺腺癌预后负相关的中枢上调基因,并且对其进行m RNA水平及蛋白水平的验证,本研究的目的在于找出新的肺腺癌生物学标记物及潜在的分子治疗靶点,以改善肺腺癌患者的生存质量。方法:本研究分为生物信息学分析及实验验证两部分。第一部分中,我们从GEO数据库下载了三个肺腺癌数据集的基因表达谱-GSE10072(肿瘤58例,正常49例)、GSE43458(肿瘤80例,正常30例)、GSE83213(肿瘤11例,正常46例),我们还通过RTCGA数据包在R语言环境中下载了TCGA肺腺癌数据集的基因表达谱(肿瘤517例,正常59例)。然后我们运用limma包及edge R分别对GEO的三个数据集及TCGA数据集进行了差异基因的筛选,并运用STRING数据库及Cytoscape可视化工具挑选出了一系列中枢上调基因。将这些中枢上调基因在TCGA中做了生存分析,最终得到了与患者预后负相关的中枢上调基因。第二部分中,我们将第一部分得到的两个基因在6对新鲜肺腺癌组织中用WB及实时荧光定量PCR进行了蛋白及m RNA水平的验证,然后在84例肺腺癌切片中进行了免疫组化染色,将得到的结果在SPSS中进行了基因表达情况与临床病理因素的分析、患者OS与RFS的单因素及多因素分析。结果:本研究通过生物信息学分析在四个肺腺癌数据集中挖掘出了54个共同上调和164个共同下调的基因,通过比较各基因之间的Degree值得到了19个中枢上调基因CDKN3、BUB1、TYMS、COL3A1、CEP55、SPP1、PLAU、COL1A1、MMP1、TPX2、MMP7、TOP2A、CENPF、NUSAP1、ASPM、DLGAP5、ECT2、CCNB2、PRC1,而这19个基因的TCGA中的表达水平仅有2个基因-CDC20、TOP2A与患者预后呈明显负相关(P值均小于0.01),且这两个基因在TCGA肺腺癌肿瘤组织中的平均表达水平均明显高于正常肺组织(P值均小于0.01)。第二部分中我们在6对新鲜肺腺癌组织中进行了验证,发现CDC20的表达在5例肿瘤样本中升高(相对于癌旁组织),而TOP2A的表达则在6例肿瘤样本中均升高;免疫组化结果显示,CDC20在肺腺癌组织中的阳性率过低,而TOP2A在84例肺腺癌患者中的高表达率为46.4%,同时与临床病理因素的分析表明TOP2A的表达水平与原发肿瘤大小(T分期)、区域淋巴结侵犯情况(N分期)及患者的TNM分期均无关,单因素与多因素生存分析表明患者的TNM分期及TOP2A的表达水平可能是该队列肺腺癌患者的独立不良预后因素。结论:1.本研究中挖掘出的19个中枢上调基因可能在肺腺癌的发生发展中发挥重要作用;2.CDC20和TOP2A在TCGA数据库中高表达并且与患者预后呈负相关;3.TOP2A在肺腺癌组织切片中高表达率为46.4%,其表达水平与患者TNM分期无关,单因素及多因素生存分析显示患者TNM分期及TOP2A的表达水平可能是肺腺癌患者的独立不良预后因素。
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