煤炭在我国能源结构中占主体地位。然而，我国煤炭开采过程中的超能力生产，使得安全事故频发、生态环境破坏、可持续发展能力下降。因此，在煤炭资源有限的前提下怎样保障煤炭行业再生产的顺利进行是我国煤炭行业所面临的重要课题。本文在前人研究的基础上，采用定量分析与定性分析相结合、实证研究与规范研究相结合、系统分析等方法，对我国煤炭行业完全成本补偿机制进行探析。指出了要实现煤炭行业的可持续发展必须突破现有的成本和成本补偿机制理论，建立符合可持续发展的成本理论及完全成本补偿机制。本着采煤的外部成本内部化，社会成本企业化的原则，提出生产成本、资源成本、安全成本、生态环境成本、转产发展成本综合考察的“完全成本理论”，并认为煤炭行业成本补偿机制包括传统狭义的成本补偿和可持续发展成本补偿两部分。目前，我国更应观注可持续发展成本的补偿问题。通过对我国现行煤炭行业成本补偿措施的分析，指出目前我国煤炭行业的成本补偿存在着固定资产的折旧率过低、矿产资源补偿费率征收标准过低、矿产资源税的征税方式不够完善、生态环境资源破坏费缺乏统一合理的征收标准等缺陷。认为我国尚未形成完整的成本补偿机制，煤炭行业的完全成本补偿机制应该包括成本补偿范围界定机制、成本补偿责任确立机制、成本补偿标准界定机制、成本补偿运行机制，成本补偿保障机制。要建立完善的成本补偿机制须加强企业对成本补偿的认识，深化煤炭价格体系改革，加强政府对补偿资金使用的监督，加强对补偿资金使用效益的评价。