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小尾寒羊和吐鲁番黑羊是两个分布在我国北方地区优良的地方绵羊品种，小尾寒羊具有非季节性全年发情、年产多胎、多羔的特点;吐鲁番黑羊是季节性发情绵羊之一、且年产单胎且单羔，但它具有耐粗饲、抗病、适应环境能力强等优良品质。因此，小尾寒羊和吐鲁番黑羊在排卵率与产羔数性状方面具有明显差异。本试验应用RNA-Seq测序技术检测产羔数显著差异的小尾寒羊和吐鲁番黑羊发情期与间情期卵巢组织转录组表达谱。 小尾寒羊在发情期与间情期卵巢组织分别获得27，020，259和25，870，220对高质量的干净序列，数据量分别为3.38 G和3.23 G，其中81.26％和82.22％准确比对到参考基因组上。与间情期相比，发情期卵巢组织差异表达基因450个，其中上调基因134个，下调基因316个。GO富集分析表明上调基因显著富集在免疫应答和主要组织相容性复合体(Major histocompatibility complex，MHC)蛋白复合物，下调基因富集在氧化还原过程和辅因子结合。KEGG富集分析表明，发情期卵巢上调基因富集的通路主要是与免疫应答、补体反应、细胞粘附相关的通路，下调基因富集的通路主要是与卵巢类固醇激素生物合成、能量代谢相关的通路。COX1、COⅢ、ND4、COX2、MT-ATP6、MGP、B2M为小尾寒羊发情期和间情期卵巢中表达量前10位的基因。与发情期相比，间情期卵巢表达量前10位基因中STAR基因差异倍数最大。 吐鲁番黑羊发情期与间情期卵巢组织分别得到28，749，441和33，162，482对高质量的干净序列，数据量分别为3.59 G和4.15 G，其中81.93％和81.09％准确比对到参考基因组上。与间情期相比，发情期卵巢共有差异表达基因150个，其中上调基因87个，下调基因63个。GO富集分析表明上调基因富集在细胞粘附、氧化还原酶活性，而下调基因富集在免疫反应、蛋白结合。KEGG富集分析表明，发情期卵巢上调基因显著富集的通路主要是与氧化磷酸化、卵巢类固醇激素合成、代谢途径等相关通路，而下调基因显著富集的通路主要是与抗原处理与呈递、胞浆DNA转录通路等相关通路。COX1、COⅢ、MGP、MT-ATP6、THYMB4X、RPS11、RPL23A、RPL31为吐鲁番黑羊发情期和间情期卵巢组织中表达量前10位的基因。线粒体编码细胞氧化酶2(MT-CO2)差异倍数最大。 绵羊MSMB基因长度为462 bp，它的开放阅读框(ORF)长度为336 bp，编码111个氨基酸。系统聚类分析表明，在不同物种间绵羊与牛遗传距离最近;生物信息学分析发现，该蛋白属于稳定酸性亲水蛋白，拥有5个磷酸化位点和2个N-糖基化位点，通过亚细胞分析MSMB蛋白定位于胞外，属于分泌蛋白。它的N端存在信号肽，不存在跨膜结构域。MSMB蛋白二级结构主要元件包括α-螺旋、延伸链和不规则卷曲。利用荧光定量PCR检测小尾寒羊与间情期卵巢组织MSMB基因表达量。结果显示，MSMB基因在小尾寒羊发情期与间情期卵巢显著差异表达(P＜0.01)，间情期MSMB基因的相对表达量是发情期的27.28倍;然而MSMB基因在吐鲁番黑羊发情期与间情期卵巢也差异表达(P＜0.01)，间情期MSMB基因的相对表达量是发情期的2.36倍。 以小尾寒羊和吐鲁番黑羊卵巢基因组为模板，扩增获得预测MSMB基因启动子片段。然后MSMBPF与PMD-19T构建重组克隆载体(PMD19T-MSMBPF)，以KpnⅠ和BglⅡ限制性内切酶与PGL3-basic载体构建MSMBPF基因启动子重组表达质粒(MSMBPF-Basic)。PGL3-Control与PRL-TK共转染的最佳比例确定为100∶1。将MSMBPF-Baisc重组质粒和PRL-TK载体共转染293T细胞，MSMBPF启动子片段具有启动子活性，与阴性对照载体PGL3-Basic比较荧光活性差异显著(P＜0.01)。利用在线软件PROMO分析绵羊MSMB基因启动子区域可能存在4个雄激素结合位点(Androgen Receptor，AR)结合位点、6个alpha-雌激素(Estrogen receptor-alpha，ER-alpha)结合位点、2个beta-雌激素（Estrogen receptor-beta，ER-beta）结合位点、3个AP2-alpha结合位点、1个beta-孕激素受体(Progesterone receptor-beta，PR-beta)结合位点，5个SF-1结合位点，1个AP-2结合位点、2个γ-视黄醇受体(Retinoid Areceptor-γ，RAR-γ)结合位点、3个β-视黄醇受体(RetinoidA receptor-β，RAR-β)结合位点和6个过氧化物酶体增殖物激活受体(Peroxisome proliferator-activatedreceptor-alpha，PPAR-alpha)结合位点。 综上所述，小尾寒羊发情期与间情期卵巢差异表达基因分析表明，免疫应答、氧化还原过程、类固醇生物合成、能量代谢相关信号通路参与调节小尾寒羊发情周期。吐鲁番黑羊发情期与间情期卵巢差异表达基因分析表明，细胞粘附、氧化磷酸化、卵巢类固醇激素生物合成、能量代谢相关信号通路参与调节吐鲁番黑羊发情周期。绵羊MSMB基因在小尾寒羊和吐鲁番黑羊发情期与间情期卵巢均呈现差异表达且均为间情期表达量高于发情期。MSMB基因转录起始位点-377～+599的片段具有基因启动子活性，并可能具有多个与繁殖相关的转录因子结合位点。