医药制造业是一个以技术创新为发展原动力的行业,具备一定的创新能力才能在世界市场上占得先机。在当今世界激烈角逐的市场环境下,技术创新能力的竞争已不再是单纯的人力、物力资源投入多少的较量。如何在现有投入下实现最大产出或保持产出不变的情况下投入最小,即效率问题,才是帮助制药企业实现利润最大化、提高医药制造业技术创新能力和水平的关键。因此,本文以创新效率的测算为基础,从国内目前的政策环境出发,探索能够优化创新投入结构的有效途径,有助于针对性的调整资源配置,使得效率改进工作更加富有针对性。本文在回顾国内外相关研究的基础上,提出以研发人员FTE(Full Time Equivalent,折合全时当量,缩写FTE)、研发经费内部支出、根据技术更新的常规路径所确定的指标技术改造、引进以及消化吸收所花费的支出为医药制造业技术创新投入,新产品销售收入以及专利申请数为技术创新产出的3投入2产出指标体系。利用Deap2.1软件对我国24个省市及化学药品、中成药品和生物药品,这三大行业的医药制造业的创新效率进行评价。根据效率测度结果,以省域为研究对象,运用Eviews6.0软件使用面板数据模型对作用于创新效率的各种原因进行分析。基于对效率水平及作用于它的各类因素测算,本文得出结论:研发资金投入、政府支持力度、新产品需求度所产生的作用力是正向的;研发人员投入、企业规模、外商投资对创新效率的影响负向的,这些因素的增加或扩大会阻碍创新效率的提高。据此,本文在分析制药水平领先的美国、日本及与我国医药产业发展路径相似的印度的创新发展模式的基础上,提出如下几点建议:(1)加强研发资金投入,仿创结合积累资本;(2)充分发挥研发人员效用,减少人力资源闲置;(3)加大政府资金投入,加强政府财政政策支持,同时强化专利保护政策;(4)建立以市场为导向的新药研发决策程序;(5)统筹对外开放和市场保护。