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贵州茅台酒和国台酒是中国酱香型白酒的代表，名声享誉国内外。基于当地特殊的地理环境和气候条件，贵州茅台和国台有着悠久的酿造历史，其酒糟中微生物形成了特定的群落结构，具有丰富的细菌多样性。本文以茅台、国台第4次蒸馏前的酒糟为研究对象，通过提取酒糟样本总DNA，以细菌的16S rDNA通用引物PCR扩增目的片段，构建16S rDNA V4区文库，对16S rDNA V4文库高通量测序分析，从而对两种酒糟样本中的细菌多样性及群落结构进行研究，研究结果如下：（1）通过稀释曲线、Chao1曲线和Shannon-Wierner多样性曲线三种分析方法，结果都表明：茅台酒糟和国台酒糟中微生物丰度都比较好，测序量能较好的覆盖样品内所有细菌类群。（2）两种酒糟样本中细菌主要分属11大门：酸杆菌门Acidobacteria，放线菌门Actinobacteria，拟杆菌门Bacteroidetes，绿菌门Chlorobi，绿弯菌门Chloroflexi，泉古菌门Crenarchaeo，厚壁菌门Firmicutes，芽单胞菌门Gemmatimonadetes，浮霉菌门Planctomycetes，变形菌门Proteobacteria，疣微菌门Verrucomicrobia。其中变形菌门和厚壁菌门在两种酒糟中都是优势菌群，在茅台酒糟中分别占66.7%和19.1%，而在国台酒糟中分别占63.0%和22.1%。（3）两种酒糟样本中细菌在属分类水平上主要是假单孢菌属Pseudomonas，乳杆菌属Lactobacillus，食单胞菌属Stenotrophomonas，叶杆菌属Phyllobacterium，希瓦氏菌属Shewanella和金黄杆菌属Chryseobacterium。其中假单孢菌属和乳杆菌属在两种酒糟中都是优势菌群，在茅台酒糟中分别占35.0%和18.3%，而在国台酒糟中分别占32.0%和21.3%。