维甲酸诱导腭裂小鼠的舌组织基因芯片筛选和差异基因生物学信息的初步探讨

来源 :大连医科大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:xiameng
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背景:唇腭裂是较为常见的新生儿先天畸形之一,其发病机理的揭示是口腔医学领域的一大难题。目前认为它是一种多基因遗传病,环境因素和基因的共同作用导致了腭裂的发生。研究发现,正常小鼠胚胎的第14天起舌开始变为扁平并下降,以便为垂直生长的腭板开始翻转上抬创造空间;随之腭板翻转上抬至水平方向并朝向中线方向延伸、接触并融合。这提示我们,舌组织的发育差异也可能是导致腭裂的重要原因之一。为此我们采用基因芯片技术来研究在舌组织发育进程中的基因表达谱,以期找出导致腭裂的相关重要基因,为进一步探讨舌组织发育对腭裂的影响提供理论依据。基因芯片技术,又称DNA微阵列(microarray)。基因芯片是指对数以千记的DNA片段同时进行处理分析的技术,该技术是指将大量探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交,通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。在人类疾病的检测、预防等方面存在广阔的应用价值,在生命科学领域中发挥着重要的作用。目的:本研究利用基因芯片技术筛选维甲酸腭裂小鼠舌组织相关的差异基因,确定它们的功能及其相关信号通路,并观察差异表达基因在正常小鼠和维甲酸诱导腭裂小鼠形成中基因表达变化的调控模式及其可能的生物学意义。方法:建立维甲酸诱导的腭裂小鼠模型,在ICR系小鼠怀孕第10天管饲浓度为100mg/kg全反式维甲酸,获取胚胎13.5天的实验组和对照组小鼠舌组织,进行Affymetrix Mouse4302.0表达谱芯片实验,初步获得维甲酸腭裂小鼠的舌组织的异常表达基因,进而结合GO分类功能分析差异基因的功能。通过Biocarta及Kegg信号通路数据库查询筛选基因相关转导信号通路信息,并进一步结合文献分析在腭裂发生发展过程中信号转导以及基因表达调控网络等相关信息。结果:1、基于腭裂与舌组织基因表达谱芯片结果,以两倍差异倍数为标准筛选差异表达基因,共发现差异基因2146个,其中发现上调的基因有1457个,下调的基因689个。未被注释的631个,已经注释1515个。2、上调的差异基因的功能大多与粘多糖生物合成过程、小脑发育、间充质细胞正调控以及肌动蛋白聚合或解聚有关。下调的基因功能大多与神经管的闭合、Wnt受体的正负调控、细胞增殖的调控和细胞外基质组成有关。3、从信号通路的角度,我们得到了主要的差异基因相应信号转导通路信息,如Metabolic pathway, Hedgehog signaling pathway, Wnt signaling pathway, MAPKsignaling pathway等。它们可能在腭裂的发生发展中起重要作用。结论:本研究利用基因芯片技术,在维甲酸诱导腭裂小鼠舌组织中发现了涉及到多个信号通路的上千个差异基因表达,并初步探讨了它们的相关功能,提示了舌发育异常可能直接导致腭裂发生。
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