生态旅游资源作为国家的一种财富,是自然价值和社会价值的统一体。根据马克思的理论,社会再生产过程的耗竭,必然需要补偿。但是,目前我国生态旅游资源的价值补偿却已成为生态旅游经济可持续发展的重要制约因素之一,转变当前生态旅游资源因价值补偿机制缺陷而导致的不可持续开发方式已迫在眉睫。本文在研究生态旅游资源开发过程中的环境价值损失与价值补偿时,认识到制度短板的存在,即国家、产权和契约这三个制度要素中的某一个或几个要素失灵或者难以耦合而导致交易费用上升,严重影响了我国生态旅游资源补偿机制的实施效率。为了对这种现象进行分析,本文首先,模拟制度短板机理,分析制度的三个要素——国家、产权和契约这三者之间的关系,阐述这些制度要素与交易费用的动态关系、对制度效率的作用机理以及判定制度短板方法,在此基础上,构建制度短板的逻辑模型。其次,对制度短板与生态旅游资源价值补偿机制的进行相关性分析,根据逻辑模型模拟制度短板运行机理,指出目前我国生态旅游资源价值补偿机制中存在的题,阐述制度短板与生态旅游资源补偿机制在国家政策、补偿契约以及责任承担主体上的关系。在此基础上,提出基于制度短板的生态旅游资源价值补偿机制的基本理论框架,期望得出具有普遍适用性的生态旅游资源价值补偿方案。最后,以武夷山的生态旅游资源补偿机制为案例进行研究,以期能为我国其它生态旅游资源富集区的生态旅游资源环境保护策略选择提供一定的理论指导。