心学的援佛入儒，带动了晚明佛教的复兴。佛教内部各宗的整合以及佛教与儒、道两家的调和成为晚明佛教复兴的主要课题。憨山认为，佛法的本质就在于对“心”的把握，在心性论的理论基础上，憨山展开了他禅教一致、禅净双修、三教一源的佛学思想。　　针对宋明以降佛教界以悟废修,空疏、虚无之禅风，憨山指出，禅教本无二致。教是释迦开示一心，禅是释迦直指一心，禅教虽有顿渐差别，而归旨无二，且教有益于参禅。末法众生更需藉教印证，藉教悟宗。他论述性相关系也旨在摄相归性，利于参禅。憨山提倡净土修行同样是为了弥补参禅之不足。在晚明普遍的念佛声中，憨山坚持心净土净的唯心净土理论，只把西方净土作为便利了中下根人修行归向的理想寄托来看，反对西方净土的实有.坚守了禅宗内在超越的本位主义立场。　　憨山以佛圆融无碍作为融通儒道释三教的方法，将儒道纳入佛家五乘之中。以儒为人乘，以道为天乘,以无我为三教共同之体，利生为三教共同之用，止观为三教共同的工夫。指出，儒释道三教源流一体，其相异只在于体用与工夫的深浅不同。憨山在三教关系论中，既坚持了佛教的主体地位，又以人道为佛法之鎡基而暗伏着佛教对现实儒家社会的妥协和入世化倾向。憨山佛化儒学和老庄则是他融合三教的具体体现。　　憨山在生平的佛法人生中，坚持发扬大乘菩萨自利利他的精神，在关注自我道业，救正佛法的同时，也关注社会现实和民生疾苦，在一定程度上影响了以太虚和印顺为代表的近代人生佛教的形成和发展。