苦荞(Fagopyrum tartaricum(L.)Gaertn.)是21世纪健康食品资源,富含生物类黄酮等多种有益生物活性成分,是我国中西部生态、经济等条件相对落后区域的粮食安全保障之一。筛选优异资源,提高苦荞产量和品质,对促进云南、贵州、四川、陕西等苦荞产区农业生产,实现农业可持续发展具有重要意义。本研究通过田间试验和室内分析,利用SSR分子标记技术,开展了对西藏、四川、陕西等省的313份苦荞资源的遗传多样性研究,主要结果如下:(1)从70对在国内外文献中被报道多态性较好的荞麦SSR引物中,筛选得到27对在本试验群体内扩增效应良好,共检测到339个分子标记带型,多态性条带占194个,比例为57.2%。有6对引物在总群体中表现出了较高的多态性水平,每对引物平均可检测到10个以上的等位变异,分别为:Fes1497(10个)、BM84(13个)、BM047(12个)、BM062(12个)、GB-FE-017(12个)、GB-FE-109(10个)。(2)用NTYspc2.1软件对313份苦荞的分子标记结果进行遗传聚类分析,总遗传变幅为0.60~0.98,平均值0.79,以遗传相似系数(GS)0.81为基准能够划出7个大组。第I组所聚的113份种质主要能分为两个亚组,陕西和云贵川三省的品种各自构成一个亚组,表现出按地理分布而聚的趋势;第II组中聚有西藏、四川和陕西的39份材料,其中9个陕西品种与川藏地区的苦荞显示出较近的亲缘关系和较高的遗传相似度,反映出其遗传构成是以地区种质交流为基础的;第III组和第IV组中,分别聚有7份来自陕西和14份来自西藏的品种,这批种质在遗传构成上地域性显著,受其他来源苦荞的遗传干扰较少,基因型相对独立,一定程度上可作为地方种质资源的代表;第V组中的24份材料在GS=0.84时构成一组,品种间亲缘关系要更近,虽然该组内的种质来源较广,但均与西南地区的品种表现出较近的遗传关系,表明我国苦荞资源的遗传构成在整体上是以西南苦荞为基础而发生演变的;除9份材料外,第VI组均由贵州的61份种质构成,反映出贵州苦荞的基因型相对保守,在遗传分布上具有更强的集中性,尽管如此,西南地区依然是我国苦荞资源基因交流的核心地带;第VII组所聚的46个品种仅能在GS=0.60处构成一类,表明该46份苦荞与其他材料相比要具有更加丰富的遗传多样性,但其遗传变异并没有超出地理生境的限制。(3)挑选出88份遗传变异较显著的种质,用超声波提取法和分光光度法检测其籽粒总黄酮含量(芦丁质量分数),集中在1.41%~2.54%之间。用SPSS19.0软件对88份种质的黄酮含量进行统计分析,方差分析表明,88份苦荞材料的黄酮含量差异并不显著,但在遗传聚类中属于同一组群的种质在黄酮含量的系统聚类中亦属于相同的类群,并不受地理分布的影响,表明苦荞的遗传基础是影响其生物类黄酮合成的主要原因;鉴选出24份黄酮含量高于2.00%的种质,这批材料不仅遗产变异较丰富,具备发掘优势基因和有利性状的潜质,而且黄酮含量更高,可作为高黄酮优质苦荞良种选育的来源。