基于TCGA数据库的膀胱尿路上皮癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

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目的:基于癌症基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,构建膀胱尿路上皮癌相关的miRNA风险预后模型,筛选膀胱尿路上皮癌高危人群进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。方法:从TCGA数据库官网下载膀胱尿路上皮癌基因表达数据、miRNA数据(区分3p与5p)及临床数据,首先对miRNA数据进行整理,筛选癌和癌旁组织之间差异表达的miRNA,将miRNA与对应患者的生存数据(生存时间、生存状态)合并;将合并后的样本随机分为实验组和验证组,对实验组样本进行单因素Cox回归分析、Lasso回归分析和多因素Cox回归分析,构建膀胱尿路上皮癌预后相关miRNA模型。其次,对模型中的单个miRNA进行生存差异分析,使用Cox风险比例模型公式计算实验组样本的风险值,根据中位值将实验组样本分为高、低风险组进行生存差异分析,通过校准图、多年份和多指标的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)及生存状态图评估风险模型的准确性,并在验证组和所有样本中进行生存验证。将风险评分与临床因素合并进行单因素和多因素独立预后分析,绘制临床因素相关的miRNA预后风险模型。然后,对模型中的miRNA进行靶基因预测和构建调控网络,进行GO和KEGG富集分析m RNA的功能和通路,并对调控网络内的m RNA进行生存分析,构建蛋白互作网络。最后,通过q RT-PCR实验验证模型内基因在膀胱尿路上皮癌组织与癌旁组织的相对表达量,对收集的膀胱尿路上皮癌患者的临床病理特征(年龄、性别、肿瘤分期和肿瘤分期)进行多因素分析,探索风险评分与膀胱尿路上皮癌患者临床病理特征的关系。结果:1基于TCGA数据库初步筛选2798个差异性表达的m RNA和217个差异表达的miRNA。2通过单因素Cox回归分析、Lasso回归分析和多因素Cox回归分析筛选出6个与预后相关的miRNA,成功构建风险预后模型。通过生存分析结果显示,实验组样本的高低风险分组具有生存差异(P<0.001),并在验证组和所有样本中进行验证得出一致结果。风险预后模型的预测能力评估结果显示,校准图的预测生存概率和实际生存概率基本符合,所有样本的1、3、5年生存分析的ROC曲线下面积分别为0.698、0.704、0.728,并且风险评分模型在预测患者生存时间方面明显优于年龄、性别、肿瘤分期和肿瘤分级。3在GO富集分析中,生物过程主要富集在肌肉组织发育、钙离子跨膜转运和丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路的调控等;细胞组分主要富集在突触膜、突触后密度和不对称突触等;在分子功能中主要富集肝素、ATP跨膜转运和DNA结合转录因子活性等。而在KEGG富集分析中,该模型主要参与钙信号通路、c AMP信号通路、氨基酸代谢、细胞粘附分子和Wnt信号通路等。4 q RT-PCR实验结果显示,miR-145-5p在膀胱尿路上皮癌中低表达,而miR-671-5p、miR-33b-5p、miR-483-3p、miR-6728-5p和miR-216a-5p在膀胱尿路上皮癌中高表达,且均有统计学差异(P<0.05);临床病理特征多因素分析显示风险评分与膀胱尿路上皮癌分期有关,其随着肿瘤分期的增加而升高。结论:1、基于6个miRNA构建的膀胱尿路上皮癌风险预后模型,能够较为准确的预测膀胱尿路上皮癌患者的预后,并且是膀胱尿路上皮癌的独立预后因子。2、6个miRNA可能通过钙信号通路、c AMP信号通路、氨基酸代谢、细胞粘附分子及Wnt信号通路等信号通路参与膀胱尿路上皮癌的发生和发展。
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