技术创新在当今世界经济发展中的作用越来越突出,我国也越来越注重自主创新对社会经济发展带来的跨越式发展的作用,“十三五”规划将“创新”作为未来五年经济社会发展和全面实现小康社会的首要目标之一,强调要全面增强自主创新能力。本文将从财税政策对第二产业自主创新能力的影响出发,以36个工业行业为研究对象,研究财税政策促进第二产业自主创新的理论机制、历史发展、现状以及存在的问题,并通过构建行业自主创新能力的评价指标体系对目前我国第二产业自主创新能力进行评价。通过选取2009-2014年6年的面板数据来对36个工业行业进行实证检验,对财政补贴政策和税收优惠政策的影响进行研究分析。通过理论分析和实证分析,文章得出如下结论:(1)我国第二产业整体的自主创新能力正在逐步提升,但不同行业创新能力差异较大;(2)我国的财税政策在促进第二产业自主创新方面并没有表现出预期的效果,财税政策有待进一步完善。最后文章分别对财政政策、税收优惠政策、金融体系建设等在促进第二产业自主创新方面寻找改进措施,并针对不同的行业提出相应的政策建议。