黄栌的景观基因组学研究

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环境可以通过施加选择性压力和限制迁移来影响生物的进化轨迹。物种对环境响应的适应性进化是分子生态学和进化生物学的关键问题。在缺乏强大选择压力的地区,物种的适应性分化方向通常是多样的。然而,区域物种自适应分化的驱动机制至今尚未确定。在本研究中,我们使用了景观基因组学方法来推断中国的暖温带地区黄栌的适应性进化。  黄栌(Cotinus coggygria),落叶小乔木或灌木,是我国重要的观赏红叶树种,著名的北京香山红叶就是本树种。该树种原产于东亚到中亚的大部分地区和中国北部的喜马拉雅山。它广泛的分布在中国暖温带地区,其生长的海拔范围在330-2400米。在中国主要分布在河北,河南,湖北,陕西,山东和山西省。景观基因组学通过鉴定适应性遗传变异的环境驱动因素和揭示相关景观格局来研究其适应性分化。在本次实验中,我们选用黄栌为研究对象,对其适应性遗传印记和环境异质性之间的关系进行研究,结果如下:  (1)我们用SCoT分子标记对黄栌进行景观基因组学研究。实验中共选取了9个SCoT引物用来研究黄栌种群遗传结构,共选用1131个的SCoT位点。对所有位点进行贝叶斯分析表明,15个黄栌种群被分成东部、西部两个种群。对其进行非层次性方差分析表明,大多数遗传变异发生在种群内,产生显著的地理隔离模式,而不是地理屏障导致两组的遗传分化。为了检测环境变量对种群遗传结构的贡献,对除EAL的的所有位点进行贝叶斯分析,去除这些环境相关位点,这两个遗传群的分化也随之解体。之后使用RDA分析15个黄栌种群和环境变量的相对贡献,揭示出环境因子对黄栌的景观空间结构的影响。其次,检测离群位点,并对其进行环境关联分析,鉴定出与环境相关的适应性位点。结果分析表明,与降水有关的环境变量如(最潮湿月份的降水量、最潮湿季度的降水量、最温暖季度的降水量)与大量的环境相关适应位点显著相关。  (2)本研究旨在揭示黄栌的空间种群遗传结构,鉴定黄栌基因组中的环境相关位点EAL,以及鉴定影响黄栌适应性分化的环境因子。研究结果表明,黄栌的生态习性,即耐旱和忌水湿,决定了其适应性进化。
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