本研究以花生/玉米间作系统为研究对象，采用大田试验和盆栽模拟实验两部分，对玉米和花生两种作物的生理生态、根区土壤微生物多样性和根区土壤微生态效应进行系统研究。大田试验结果表明，间作促进玉米的生长，弱化花生的生长。间作作物根区土壤速效态养分含量有一定增高,有利于作物根区土壤微生物的多样性的提高。通过盆栽实验对三种不同的间作方式的玉米、花生及单作玉米、单作花生进行了研究。盆载实验研究结果表明，综合考虑玉米植株的生理生态指标，间作系统1的玉米和间作系统2的玉米生理生态指标最优，其次是间作系统3的玉米，单作玉米最差。土壤pH值及EC值和碱解氮、速效磷、有效钾、有机质、全氮、全磷、全钾含量测定表明，土壤中养分含量在时间和空间上都有一定的变异。平板培养法、BiologGN微平板分析、PCR-DGGE分析生物学技术等几种方法对土壤微生物多样性的检测结果总体上具有一致性。通过biolog代谢指纹分析、PCR-DGGE分析生物学技术分析以及FAMEs-GC脂肪酸图谱比较发现土壤微生物存在空间上的异质性。同一时间不同植物根区土壤微生物种类有一定的差异，同一植物根区不同生育期土壤微生物种类也有一定的变异。