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运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对硇洲岛海域沉积物样品中可培养细菌(含放线菌)的多样性进行研究。用补充0~2.0 mol/L NaCl的MA、ISP 2、NA、SWA和HAA培养基从硇洲岛潮汐带沉积物样品中共分离到164个菌株,根据形态观察和部分生理生化实验结果去冗余,共获得56个纯培养物,选取32株代表性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育多样性分析。结果显示,32个分离菌株可归为26个物种,属于3个大的系统发育类群(门,phylum)(Actinobacteria,Firmicutes,Proteobacteria),14个科(Alcaligenaceae,Alteromonadaceae,Bacillaceae,Bacteroidaceae,Dermabacteraceae,Dietziaceae,Halomonadaceae,Micrococcaceae,Nocardiopsaceae,Planococcaceae,Promicromonosporaceae,Pseudoalteromonadaceae,Staphylococcaceae,Vibrionaceae),17个属(Bacillus,Brachybacterium,Cobetia,Dietzia,Halobacillus,Halomonas,Isoptericola,Jeotgalicoccus,Kocuria,Marinobacter,Nocardiopsis,Pigmentiphaga,Planococcus,Pontibacillus,Pseudoalteromonas,Salinivibrio,Virgibacillus)。多数菌株属于Proteobacteria门(15株,46.9%)和Firmicutes门(11株,34.4%)。这些分离菌株中,至少有4个菌株(JSM 061001、JSM 077023、JSM 077025和JSM 089168)代表潜在的新分类单元(potential new taxa)。
以8个敏感菌株(3株革兰氏阳性菌、3株革兰氏阴性菌和2株真菌)和1株癌细胞株作为靶标,采用琼脂扩散法和MTT法对56株纯培养物进行活性筛选,并对活性菌株进行基于16S rRNA基因序列的系统发育分析。结果显示,25株菌具有抗菌活性,阳性率为46.3%,抗菌活性菌株归于3个大的系统发育类群(Proteobacteria、Firmicutes和Actinobacteria),9个科,10个属,多数菌株属于Proteobacteria门和Firmicutes门;菌株中具有抗癌活性的有27株,阳性率为52%,其中细胞增值抑制率小于10%的有6株,占总菌株的11.5%,细胞增值抑制率在10%~30%之间的有15株,占总菌株的28.8%,细胞增值抑制率在30%以上的有6株,占总菌株的11.5%,系统发育分析表明27株具抑制癌细胞生长活性菌属于3个门、10个科、11个属。
菌株JSM 061001、JSM 077023和JSM 089168经多相分类(polyphasic taxonomy)被确定其分别代表了3个属的新种,分别被命名为Jeotgalicoccus nanhaiensi sp.Nov.、Pigmentiphaga litoralis sp.Nov.和Pontibacillus litoralis sp.Nov.。
实验结果表明,硇洲岛海域沉积物中细菌存在较为丰富的物种多样性和系统发育多样性,并存在大量的新类群及具有丰富的活性物质产生菌资源。