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海绵动物是原始、低等滤食的后生动物，它的外形能随着生活环境的变化而改变，长期以来海绵的分类问题存在较大争议。传统的海绵分类是根据海绵的骨针或骨骼来鉴定的，骨针形状完全不同的海绵很容易分类。但是有些骨针的形状相似，但是弯曲程度和长度都有细微的变化，此时，单靠骨针来分类已不可靠。通过应用生物分子标签技术（Barcode），可以为海绵的的分类提供了可靠的依据。利用16S rDNA克隆文库构建技术，克隆六种海绵共生微生物的16S基因片段，并将其六种海绵的细菌文库相应编号为：PBS2、PBS4、PBS5、PBS7、PBS8和PBS10，克隆数分别为240、203、288、288、288、288。用限制性内切酶MboI和BstUI对PBS2和PBS4片段进行RFLP分析，克隆文库相应的OTU为：29和21。挑选.代表性的克隆进行测序，并利用NCBI和RDP数据库进行细菌种属分析。PBS2文库主要由五大细菌门类，分别是：Actinobacteria（23个克隆，9.58%）Bacteroidetes（23个克隆，5.42%）、Firmicutes（1个克隆，0.42%）、Proteobacteria（62个克隆，25.83%）、 Cyanobacteria（137个克隆，57.08%）、未分类的细菌有4个克隆，占总克隆数的1.67%。PBS4文库共有203个克隆，主要由四大细菌门类，分别是：Actinobacteria（3个克隆，1.48%）Bacteroidetes（3个克隆，1.48%）、Proteobacteria（164个克隆，80.79%）、 Cyanobacteria（9个克隆，4.43%）、未能分类的细菌有24个克隆，占总克隆数的11.82%。利用宏基因组和16S rDNA文库技术，对京一海绵进行研究。京一海绵的16SrDNA基因文库共得到244个克隆，15个OTU，主要由Actinobacteria、Planctomycetes、 Proteobacteria、 Cyanobacteria共四个细菌门类组成，其中Cyanobacteria的细菌门类多达91.39%，而Actinobacteria和Planctomycetes的门类低至0.41%，Proteobacteria门类为6.56%，没有明确分类的细菌门类为1.23%。京一海绵样品的宏基因组solexa测序得到原始数据约20G，拼接得到346749个contigs，约73.52M的非冗余数据，片段的平均长度为约212bp，最长的片段为27.73kb，最短的片段为100bp。其中，65.09%的congtigs片段分布在100-149bp之间，14.69%的片段分布在150-199bp，200bp以上的片段占20.22%。这346749个片段根据RDP16S classifier分析，共176个contigs属于Archaea，占总体contigs数目的0.05%；227021个片段属于Bacteria，占总体contigs数目的65.47%；没有明确分类的片段大约有119553个，占总体contigs数目的34.48%。在176个属于Archaea的contigs中，有32个contigs属于Crenarchaeota；剩余的没有明确分类；227021个Bacteria的contigs中，15个contigs属于Actinobacteria，1个属于Bacteroidetes，937个属于Firmicutes，5个属于Planctomycetes，10个属于Proteobacteria，9个属于Cyanobacteria。