金字塔结构的广泛存在及其带来的现金流权与控制权的分离导致大股东利益侵占问题比较严重，这也成为广大学者研究得比较多的问题。随着内部控制在公司治理领域的作用日益突显，其与金字塔结构及大股东利益侵占的研究也越来越有意义。本文以2009-2011年沪市和深市A股所有非金融类上市公司为样本，采用理论和实证分析相结合的方法研究了金字塔结构、内部控制有效性与大股东利益侵占之间的关系，同时运用中介变量的检验模型检验了内部控制有效性在金字塔结构与大股东利益侵占之间的中介作用。文中采用控制权、现金流权以及现金流权与控制权的分离率来衡量金字塔结构;用内部控制缺陷的披露程度以及内部控制鉴证报告的披露程度来衡量内部控制的有效性;用大股东资金占用以及关联担保占总资产的比率来衡量大股东利益侵占。研究结果发现:现金流权与内部控制有效性正相关，与大股东利益侵占程度负相关;现金流权与控制权的分离率与内控有效性正相关，与大股东利益侵占负相关;内部控制有效性与大股东利益侵占程度负相关，即内部控制越有效，大股东利益侵占的程度就会越低。另外，研究还发现，用内部控制缺陷的披露程度来衡量内控有效性时，其在金字塔结构与大股东利益侵占之间有一定的中介作用，而用内控鉴证报告的披露程度来衡量内控有效性时，其在两者之间有明显的中介作用。总的来说内部控制有效性在金字塔结构与大股东利益侵占之间是有中介作用的。表明金字塔结构下大股东在一定程度上可以通过影响内部控制有效性的作用实现利益的侵占。最后，本文根据研究结果从监管部门、企业内部控制以及投资者的角度提出了相关政策建议。