新疆驴历史悠久,可追溯至公元三世纪。新疆是我国家驴养殖的主要产区之一,饲养量大,据统计,全区共有100多万头,占全国总存栏数的45%。新疆驴属于小型驴种,起源于亚洲野驴,经长期人工驯化而成。新疆驴具有适应性强、耐粗饲、繁殖力强、性成熟早、生长快等优良特性,是我国宝贵的优良地方驴种资源。新疆驴主要分布于天山以南地区,以喀什、和田、库车、吐鲁番地区为多。由于产区自然地理环境和生态条件的差异,以及长期人工驯化和选育的影响,使得新疆驴在三个地域逐步形成了特征不同的类群。上世纪九十年代,从内地曾引进关中驴,进行杂交利用,但同时对新疆驴品种资源构成了威胁。因此,合理利用和保护新疆特有的驴种资源,提高家驴育种和生产水平,培育优良品种,成为我区养驴业可持续发展的重要基础。本研究了解新疆驴的遗传多样性,阐明不同类群驴的种质特性,为地方品种的保护和合理利用提供科学依据。本实验利用微卫星标记技术对新疆驴三个类群的8个微卫星座位进行研究,计算了各位点的等位基因数、等位基因频率、遗传杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离,同时做了聚类分析。最后就微卫星标记的不同基因型与体尺性状之间的相关性做了分析。研究结果如下:1.在新疆驴3个地方类群中,8个微卫星座位均表现多态,共发现了74个等位基因。其中,在VHL20座位检测到的等位基因数最多,为11个;在HTG15座位上检测到的等位基因最少,为8个;平均每个座位上的等位基因数为9.3。2.计算了各类群的杂合度、多态信息含量和有效等位基因数三个参数,比较了各群体内的遗传差异。3个地方类群的群体杂合度范围为0.769~0.827,平均杂合度为0.789,多态信息含量在0.655～0.867之间,有效等位基因数在3.328～6.960。3.根据各等位基因频率,计算了吐鲁番驴、喀什驴、和田驴、关中驴、德州驴、晋南驴和泌阳驴七个地方类群间的Nei氏标准遗传距离(关中驴、德州驴、晋南驴及泌阳驴数据来源见参考文献[48])。结果显示:和田驴与德州驴的遗传距离最大,晋南驴和泌阳驴的距离最小,遗传距离范围在0.3365～0.9100之间。4.利用phylip和trview软件,根据Nei氏遗传距离,构建了七个群体的NJ和UPGMA聚类图。聚类结果显示七个群体共聚为两类,第一类为关中驴、德州驴等大型驴种,第二类为小型驴种即和田驴、喀什驴、吐鲁番驴。5.利用SPASS13.0分析了和田驴各位点的基因型与体尺性状之间的关系。结果表明:COR071微卫星位点的190/190基因型对应的体高和胸围两个性状与其它基因型之间差异显著。