贲门癌中长链非编码RNA和微小RNA表达谱及相关性分析

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目的:利用基因芯片技术检测贲门癌与癌旁组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)和微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱;探讨贲门癌与癌旁组织中差异性表达lnc RNA和miRNA之间的相关性以及异常表达mi RNA与预后的关系。材料与方法:共选取52对经手术切除的贲门癌与癌旁组织作为研究标本,其中15例标本用于基因芯片检测,37例标本进行后期PCR验证。利用Arraystar Human LncRNA microarray V2.0和miRCURY LNA?micro RNA Array,7th gen-hsa,mmu&rno两种芯片来检测lncRNA和miRNA的表达谱,再通过RNA标记与杂交、数据分析后得出贲门癌与癌旁组织中差异性表达的lncRNA和miRNA的表达谱。应用生物信息预测技术来分析表达谱中部分lnc RNA和mi RNA的相关性,并运用qRT-PCR技术在37对贲门癌与癌旁组织中验证结果。运用统计学分析lncRNA和miRNA两者之间的表达相关性。利用卡方检验来分析mi RNA与临床病理特征之间的关系;运用Kaplan-meier生存分析来研究miRNA与生存期的关系。结果:15例贲门癌与癌旁组织中2倍以上差异性表达的lncRNA、miRNA及mRNA的表达谱:lncRNA共计2090个;miRNA共计152。根据lncRNA表达谱中差异性表达倍数、标准化强度值及lncRNA数据的注释,选出两条lnc RNA:H19和MALAT1。通过生物信息预测方法,从贲门癌miRNA表达谱找到与H19和MALAT1存在表达相关性的miRNA共3条,包括:has-mi R-148a-3p、hsa-miR-205-5p及hsa-miR-363-3p。利用qRT-PCR技术验证一对预测的RNA:H19和has-miR-148a-3p的表达情况,结果显示在37例贲门癌与癌旁组H19呈明显的过表达(P=0.0072),mi R-148a-3p呈现明显的低表达(P<0.0001)。利用非参数秩和检验发现H19与miR-148a-3p的表达呈现明显的负相关性(P=0.019)。临床病理特征分析提示低表达的miRNA与贲门癌淋巴结转移明显相关(P=0.039)。Kaplan-meier生存分析发现低表达的miR-148a-3p预示着较差的贲门癌患者生存期(P=0.022)。结论:15对贲门癌与癌旁组织的lnc RNA及miRNA表达谱存在显著差异。通过生物信息预测和qRT-PCR技术,找到了贲门癌中lncRNA H19和miR-148a-3p存在表达相关性。此外,低表达的miR-148a-3p与贲门癌淋巴结转移有着明显的相关性,并预示着较差的总体生存期。
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