区域创新系统是区域创新能力的基础,也是国家创新系统的基础和重要组成部分。区域的竞争优势则来源于区域创新能力的提升。提高区域创新能力是一项系统工程,需要通盘考虑,整体设计。研究创新机制是制定创新政策的理论基础,目标和着力点。对创新机制充分认识是保证创新政策科学性、有效性的必要条件。完善的创新机制使各种创新资源和能力得到有效的整合和利用,最大限度的提高创新效率,大幅度提高区域创新能力和竞争力。本文选择区域创新系统的创新机制进行研究,所做的主要工作如下：(1)建立了我国地区创新能力评价的概念模型,对各地区创新能力进行了具体评价,并进行了其与地区政策导向关系的实证研究。(2)论述了创新协同的内涵,分析了区域创新系统中的创新能力影响因素,分析了基于官产学研合作的区域创新系统协同创新,发现其动力机制及作用条件。(3)本文围绕着地区自主创新能力影响机制展开研究。从内生角度运用定性与定量、静态与动态相结合的研究方法,研究了影响地区创新能力的结构、动力、激励及协同机制,目的是为我国地区提升创新能力提供科学有效的理论指导和方法。主要研究创新包括：(1)运用协同学构建地区创新能力的结构、动力、激励及协同机制模型,为科技政策的制定与实施提供可操作性的理论依据,提高科技政策的有效性。(2)运用因子分析及方差分析研究地区科技政策的差异性、各项科技政策之间的配套机制,以提高科技政策的可操作性及实施的绩效。(3)针对落后地区科技发展的低投入陷阱的问题,通过分析其内在产生机制,发现落后地区公共资源的可获得性差是直接原因,而创新系统的特性是其主要影响因素。指出解决这一问题的主体是政府,明确了政策目标及政策实施原则,说明了政策实施途径是健全财政援助制度及提升公共服务。(4)建立了一个描述区域创新系统的特征模型,定量地检验了中国各省科技政策导向的差异性及与当地科技发展特征的联系。通过对中国30个省的实证分析,研究显示中国各省面向长期科技能力的政策符合当地科技特征,而面向即时解决方案的政策没有显著差异。(5)针对科技系统特点,引入增长率数据和时间窗口序列数据,建立了一种改进型人工神经网络预测模型,实证结果表明,预测模型的泛化能力得到增强,提高了预测精度。从而实现对各省区自主创新产出能力发展的准确预测。