本文通过实证分析国内长三角区域主要港口建设与发展状况，预测港口发展前景，研究港口群竞争合作规律。结果表明，在我国不长的港口发展史上，港口竞争范围广、层次多、延续时间长，是主流，合作则进展相对缓慢。通过对港口竞合关系的博弈分析，本文发现，理性参与人都会为追求自身利益最大化，而陷入“囚徒困境”，选择非合作行为。在将经济学思想融入港口群竞争合作分析后，本文发现，适度竞争对港口发展利大于弊，任何合作都是基于局部竞争基础上的，合作是发展的重要方向，是竞争发展到一定阶段后的必然要求，是为了更好地竞争和发展。本文最后还提出了长三角区域港口协调发展的现实路径和政府职能的新定位，认为当前政府必须实行行政体制改革，重新定位其职能功能，制定合作条款及规则，开展长期的合作，同时设立分工合理、职能明确的跨区域协调管理机构，制定公平合理的区域性法律政策，以理性方法化解“囚徒困境”。这可为港口相关部门、政府和企业提供一些发展思路。