自从2007年国家启动棉花良种补贴政策以来,新疆作为我国的产棉大省,成为全国获得补助较多的产棉区之一。为提高棉花的产量与质量,农业部想通过行政力量以项目的方式对棉花良种进行补贴,自此,棉花良种补贴政策诞生了。棉花良种补贴不仅是一项惠农政策,其最主要的目的是通过补贴把良种价格降低,引导棉农种植优良品种,改善棉种多、乱、杂的现象,从源头上控制棉种,保证棉花品质,从而大幅提高棉花产量,稳定棉花种植面积,最大限度增加棉农收入,增加石河子垦区棉花总供给。新疆石河子垦区棉花良种补贴政策在补贴过程中存在良种补贴标准过低,政策宣传不到位,目标实现困难,运营成本高,农户种植面积统计任务重,农户补助资金项目不清等问题,然而棉花良种补贴政策对棉农增产、增收能够产生多大的效果,政策效果能够持续多久,都是个值得探讨与深究的问题。本文运用问卷调查法、访谈法、经济学的原理及公共政策绩效评价方法,通过对石河子垦区的农牧团场调研、在深入分析棉花良种补贴政策的基础上用层次分析法将有关棉花良种补贴政策绩效的各个因素按照不同属性自上而下分解成三个层次,目标层是石河子垦区棉花良种补贴政策绩效水平,第二层次包括棉农对政策认知情况、补贴政策执行情况、棉农对政策满意度、政策实施效果四个指标,第三层次包括了补贴标准的了解程度、政策信息获取渠道、执行过程违规现象、补贴资金发放情况、农户对政策满意度、补贴对种植意愿影响、棉花种植面积变化、棉花总产量变化、棉花质量变化、棉农收入情况等指标。经过对评价指标初选、完善后,得出石河子垦区棉花良种补贴政策目标各个层次的权重,在此基础上再运用模糊综合评判法对政策绩效进行打分,以此来检验政策目标是否达到预期效果,并为完善政策提供数据支撑。通过分析发现则石河子研究表明石河子垦区棉花良种补贴政策绩效总体上属于第2级到第3级之间,即良好到中等之间,但基本趋向于中等,说明石河子垦区棉花良种补贴政策实施绩效并不理想。最后就石河子垦区棉花良种补贴政策存在的问题提出相关建议,如提高补贴标准,引导棉农首选良种;加大补贴信息透明度,优化良种补贴组织运作形式;严把供种企业关,优先由具有棉花良种繁育和收购资质的企业供种;完善制度,加强监管力度;坚持棉种企业售后责任制等,为进一步完善我国的棉花良种补贴政策提供借鉴和决策参考。