重庆市自2003年开始试点新型农村合作医疗制度(以下统一简称为“新农合”)以来,我市农村卫生改革取得了巨大的成效,乡镇卫生院就诊率和住院率有了明显提高,参合群众的医疗卫生服务得以保障、农民就医经济负担有所减轻,农民因病致贫、返贫的问题有所缓解。然而,因我市各区县地区的社会经济发展不平衡,各区县新农合经办机构建设和运行不一致,直接影响了当地农民的参合热情。至2008年11月重庆市各试点地区平均参合率为85.25%,远低于全国同期的平均水平(91.50%)。时值重庆统筹城乡改革发展、抗御全球经济危机影响的新时期,各区县的新农合管理模式与我市的医疗卫生一体化改革要求之间还有多大的距离?各区县新农合经办机构如何科学地调整和因地制宜地贯彻执行新型农村合作医疗政策?怎样引导农民群众对新农合的参合热情和信心?什么样的建议方法才能促进重庆新农合管理运行地长期稳定和有序发展?这些都是我们值得深入思考和亟需解决的问题。本论文从研究重庆市新型合作医疗的管理现状入手,从新农合体制运行的管理方层面随机抽取了涵盖重庆市主城区、渝东北及渝东南三大行政片中的十个区县(巴南区、万盛区、永川区、江津区、合川区、忠县、梁平县、丰都县、开县、彭水县)的新农合经办机构的负责人进行调查访谈,同时采用随机抽样的方法对重庆市参合率较高的七个区县市(江北区、巴南区、永川区、江津区、荣昌县、梁平县、云阳县)的参合群众进行了500份的问卷调查。论文进而对目前重庆市新型合作医疗管理存在的问题进行了比较全面的分析,根据重庆市统筹城乡的发展要求和新一轮全国医疗改革的现状,针对基金兑付补偿管理主管部门不一致、政策宣传形式单一,力度不够、道德风险和逆向选择容易发生以及经办机构人员不足,调动过于频繁等问题对重庆市新型合作医疗管理模式的构建提出了思考和建议:做好新农合舆论宣传,加强法制建设;加大管理机构建设力度;严格基金管理,强化外部监管;建立健全卫生信息系统;整合管理机构,完善与其他医疗保险制度的衔接,以实现新农合补偿标准的提高。