本文以枯草杆菌的嘧啶核苷磷酸化酶、人的鳞状上皮细胞癌抗原2 和人的亚甲基四氢叶酸脱氢/水解酶为研究对象,利用同源模建、分子力学、分子动力学和量子化学等分子模拟方法,对这三个体系的配体与受体相互作用以及催化机制进行研究。主要内容如下: [1] 通过同源模建、分子动力学、蛋白质-小分子对接和QM/MM 研究,给出了枯草杆菌的嘧啶核苷磷酸化酶以及它与尿嘧啶核苷复合物的三维结构模型,确定了酶的催化机制,以及活性中心的氨基酸对底物作用。[2] 通过同源模建、蛋白质-蛋白质对接和分子动力学研究,给出了人的鳞状上皮细胞癌抗原2 以及它与两种丝氨基酸蛋白酶复合物的三维结构模型,讨论了复合物中两种蛋白间的相互作用,揭示了实验中人的鳞状上皮细胞癌抗原2 与它抑制的两种丝氨基酸蛋白酶的反应速率不同的原因。[3] 通过分子动力学、蛋白质-小分子对接和QM/MM 研究,给出了人的亚甲基四氢叶酸脱氢/水解酶与亚甲基四氢叶酸复合物的三维结构模型,确定了酶的催化机制,以及活性中心的氨基酸对催化的作用。