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本研究以本实验室已获得的翘嘴鳜(♀)×斑鳜((?))杂种F1的转录组序列为基础,设计合成了388对引物,分六批次在翘嘴鳜、斑鳜、波纹鳜、暗鳜中进行微卫星分子标记的大规模挖掘。具体结果如下：1.引物1-54在39个野生翘嘴鳜个体中进行了多态性检测,其中29对有多态性。每个多态位点的等位基因数在2-13之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0500-1.0000和0.1522-0.8846。经过BLASTx检索后,这些包含多态位点的unigenes中有6条与已知基因具有显著的相似性。将这29对多态性引物在30个野生斑鳜个体中进行跨种扩增检测和多态性检测,其中27对能在斑鳜中成功扩增,23对具有多态性。2.引物55-108,171-180分别在37个野生斑鳜个体和30个野生翘嘴鳜个体中进行多态性检测。38对在斑鳜中有多态性,等位基因数在2-10之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.8378和0.4235-0.8771。36对在翘嘴鳜中有多态性,等位基因的数目从2-8个不等,期望杂合度和观测杂合度的范围分别为0.4624-0.8582和0.0000-0.8667。3.引物109-170分别在32个野生斑鳜个体和32个野生翘嘴鳜个体中进行多态性检测,共开发出46对多态性引物。其中43对在翘嘴鳜中有多态性,20对在斑鳜中有多态性。在翘嘴鳜中,每个多态位点等位基因的数目从2-8个不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.1300-1.0000和0.3300-0.8500。在斑鳜中,等位基因的数目从3-9个不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.1900-1.0000和0.2800-0.8800。这46对多态性引物在大眼鳜、波纹鳜、暗鳜和少鳞鳜中的跨种扩增结果显示,184个位点与物种的组合扩增中94%能够成功扩增,种问移植性很高。4.引物181-265在32个野生斑鳜个体中进行多态性检测,25对引物有多态性。每个多态位点的等位基因数在2-9之间,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.9688和0.1726-0.8596。跨种扩增结果表明：25对多态性引物在翘嘴鳜、大眼鳜、波纹鳜及暗鳜中有22对能扩增,少鳞鳜17对。5.引物266-338在30个野生波纹鳜样本个体中进行多态性检测,首次成功开发出29对多态性引物。每个多态位点的等位基因数从3-13不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0667-1.0000和0.2130-0.9006。6.引物339-388在28个暗鳜样本个体中进行多态性检测,开发出首批暗鳜的多态位点。这50对引物中有31对显示出多态性,每个多态位点的等位基因数从2-10不等,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.0000-0.9643和0.1149-0.7506。这些新的微卫星标记将有利地促进鳜属鱼类遗传多样性和种群结构的评估、保护遗传学研究、高密度连锁图谱的构建以及分子标记辅助育种技术的建立。同时,实验结果也表明了分析转录组序列是一种快速、高效开发微卫星标记的方法。