由于近些年新能源汽车市场不断扩张,新能源产业产品质量参差不齐,为了推进产业稳定运行,树立消费者创新环保的观念,我国不断出台了相关政策,以期能够促进新能源汽车行业在快速发展的同时保持良性竞争和可持续发展。然而,随着新能源汽车产量的不断攀升,供应链内部缺乏的合作创新意识导致突破性创新成为各新能源汽车供应链的共同难题。因此,新能源汽车上下游企业不得不考虑联合技术创新是否是各决策单位的最优策略。放眼新能源汽车的发展轨迹,新能源汽车供应链的发展绝大部分来自新能源电池的发展,电池技术创新成为电池供应商竞争环境中的首要难题。在竞争的环境中,电池供应商又需要考虑投入创新研发成本是否总是最优经营策略。由此,本文从新能源汽车供应链的视角进行研究,基于博弈论、协同创新理论及生产与运营决策等理论,从提高新能源汽车的创新质量水平和推动新能源汽车供应链稳中求进着手,研究新能源汽车产业链中的合作与竞争策略问题。本文以供应链的创新决策为出发点,研究政府补贴的不同阶段由新能源电池供应商和整车制造商组成的新能源供应链的决策问题。分别考虑非竞争环境下,单一供应链上下游的联合创新以及存在竞争的新能源汽车供应链的创新选择。研究各种先决条件与决策模型交叉下的各供应链节点单位的决策结果,以控制变量的方法,分别比较相同补贴方式,不同创新选择和相同创新选择,不同补贴形式下的最优决策,得到符合当下环境的最优解决策略。同时,分析政府创新研发补贴、市场对创新质量投入的敏感性以及竞争程度对供应链决策的影响,探讨不同因素的具体的影响途径。本研究的结论主要如下:（1）在非竞争状态下,政府补贴行为和供应链上下游的联合创新行为对提高新能源汽车供应链的创新投入努力水平一定范围内有效。对于政府部门而言,一旦政府补贴系数较小且市场对新能源产品创新不敏感时,各方收益难以弥补前期巨大的创新成本投入,导致政府补贴失效,而当政府补贴过高,新能源企业选择瞒报、谎报以骗取高额补贴,导致市场混乱。审时度势,制定不同的政策补贴方案,既提高新能源汽车研发企业的研发动力,又防止破坏市场正常运行,充分保障政府补贴的协调作用是重中之重。就处于不同决策地位的供应链企业来说,新能源汽车供应链选择双边创新研发投入的各项决策均明显优于单边创新质量投入的决策结果。推动协同创新的发展是单个新能源供应链消除技术壁垒,实现行业领先的绝佳决策。（2）在竞争环境下,政府补贴行为对于市场中的各企业决策影响作用有限。对于政府部门而言,保持一定程度的政府补贴固然重要,多样化的创新激励手段,激发新能源企业的创新热情,促进市场创新质量转型更加重要。对于竞争环境中的新能源企业而言,市场创新敏感度越高时,相互竞争的电池供应商共同进行创新质量投入是实现扩大市场,获取转型收益的最佳选择。然而,竞争供应商同时面临市场差异化竞争的残酷性,当市场不断发展到竞争程度较大的状态时,不断有新能源电池供应商瞄准更节能、更环保的创新研发中去,同时进行创新研发投入的优势会被削减,导致边际效用减弱,因此,企业需要从不同方向解析市场的差异化需求,从更多维的角度解析市场对创新产品的需求,来提高差异化带来的市场份额。