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低致病性禽流感（H9N2）是危害商品肉鸡、高产蛋鸡和肉鸡的重要疫病。H9N2亚型禽流感灭活疫苗在控制H9N2的过程中发挥了重要作用，但自2009年以来，H9的免疫失败在免疫鸡群中仍时有发生,给养禽业造成了巨大的经济损失。近十年，中国禽病界一直试图在分子遗传水平上阐明H9N2亚型AIV的毒株变异趋势，分子流行病学方面已积累了大量的毒株资料和信息。但是，这些研究对信息的分析的深度不够，缺乏系统的对病毒抗原性与基因变异相关性的研究。本研究分离测定了山东等地22株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因的全基因序列，从分子水平上了解H9N2亚型禽流感病毒的遗传变异的趋势，首次筛选了六株不同分离年代，不同分支，不同分离地区H9N2亚型AIV的HA基因从抗原性变异方面及其与基因变异的相互关系进行系统的研究比较。进一步运用统计学软件，分析病毒的抗原性变化与HA基因变异相关性，从而揭示我国H9N2的遗传变异规律，为临床全面科学防控H9N2禽流感提供强有力的技术支持。首先，对国内1998-2011年流行的22株H9N2分离株分别进行病原鉴定和HA基因的序列测定，结合在GenBank中公开的的国内外46株H9N2病毒进行基因序列比对，绘制系统发育树。通过上述试验成功获得22株H9N2亚型禽流感病毒的HA基因序列。筛选的22株病毒中有12株病毒的234位受体结合位点由Q突变为L，具有与哺乳动物唾液酸α，2-6受体结合的特性，表明部分H9N2流行株已具备攻击哺乳动物的潜在能力。其次，从上述22株病毒中选取6株在时间、地点和系统发育树上位于不同分支上的代表性毒株，分别制备单因子血清，进行HI交叉中和试验和鸡胚交叉中和试验，计算不同毒株之间的HI交叉中和指数和鸡胚交叉中和指数，确定H9N2亚型不同毒株之间的抗原变异相关系数。结果发现禽流感病毒的交叉中和效价（0.27-0.85）远未突破形成新血清型的阈值，H9N2流行株尽管存在一定的抗原性差异，但仍属于一个血清型，仍能够产生一定的交叉保护。第三，利用统计学软件spss14.0对上述六株H9N2亚型病毒的抗原相关系数与H9N2不同毒株之间的HA基因氨基酸同源性进行相关比较。结果发现鸡胚中和指数相关系数与HA氨基酸同源性呈显著相关（p<0.01，R=0.6398），表明在十多年的疫苗免疫压力下，H9N2病毒已经在分子水平和抗原性上发生了一定程度的变化，且高度相关。该结果为合理选择H9N2疫苗，有效控制该病提供理论支持。