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新疆是我国最大的省区，境内面积1km~2以上的盐湖数占中国盐湖总数的13.78％。由于新疆干旱盐碱的极端环境，该地区的微生物具有巨大的研究价值，近年来一直是国内极端环境微生物领域关注的焦点。本论文通过分子生物学方法从新疆地区八个盐湖样品中提取总DNA，通过PCR扩增八个盐湖的细菌16S rRNA基因和二个盐湖的嗜盐古菌16S rRNA基因，构建16S rRNA基因文库，从中随机挑选403个细菌克隆子和202个嗜盐古菌克隆子进行测序分析。将序列提交到国际分子生物学数据库(GenBank)进行相似性比较，用PHYLIP(v3.65)和Mega3软件构建系统发育树进行系统发育分析，并用DOTUR软件比较分析八个盐湖位点之间原核微生物多样性的差异。结果表明：①与细菌文库克隆子相似的微生物主要属于八个类群：变形菌门(Proteobacteria)、革兰氏阳性细菌(Gram-positive bacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、绿菌门(Chlorobi)、酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)和未定类细菌(Undassified)。其中变形菌门(Proteobacteria)和革兰氏阳性细菌(Gram-positive bacteria)是优势菌群，分别占36.40％和54.00％；而其它六个类群则只占9.6％。变形菌门(Proteobacteria)又可细分为Alpha-、Beta-、Gamma-、和Delta-proteobacteria四个纲；革兰氏阳性细菌则包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、壁厚菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinbacteria)。②与嗜盐古菌文库克隆子相似的微生物均属于盐杆菌科(Halobacteriaceae)：盐棍菌属(Halorhabdus)7.10％，盐杆菌属(Halobacterium)12.00％，盐盒菌属(Haloarcula)11.40％，盐红菌属(Halorubrum)15.80％，盐陆生菌属(Haloterrigena)35.90％，钠线菌属(Natrinema)1.60％，Halopiger属1.10％和未确定分类地位(Unclassified)15.20％。③获得的细菌文库克隆子序列超过一半与己知序列相似度在97％以下，预示着新疆盐湖样品中有许多有待发掘的新物种存在；而获得的嗜盐古菌文库克隆子序列与前者的结果截然相反，90％以上与已知序列相似度大于97％，说明在所研究的盐湖中很难发现新的嗜盐古菌物种。④通过比较玛纳斯盐湖和阿洪库鲁木湖的原核微生物(细菌和嗜盐古菌)多样性，发现两者的细菌多样性有很大差异，前者的细菌多样性最差而后者的细菌多样性最好，然而两湖的嗜盐古菌多样性则基本一样并不像细菌那样存在巨大的反差。这也进一步说明本实验研究的新疆地区盐湖在细菌多样性方面非常值得深入研究而不是嗜盐古菌。总之基于16S rDNA序列的非培养技术结合统计学分析研究，结果表明新疆地区的盐湖具有丰富的微生物资源(特别是细菌)，值得进一步深入研究，为认识新疆地区盐湖微生物群落结构和多样性提供了客观的依据。