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为识别巢湖藻类水华暴发的主要影响因素,采用为期一年的现场采样及野外模拟实验相结合的方法,研究了2008水华暴发现状及优势种的变化;采用多元统计方法对入湖河流进行了聚类和污染等级分级,并判别了藻类生物量与河流营养盐输入负荷的关系;分析了各水环境因子对藻类生物量的影响,并筛选出对对藻类生物量相对重要的因子;估算了水-沉积物界面氨氮的扩散通量,并利用氮形态的连续分级提取法研究了沉积物氮形态的季节性变化,并探讨了不同季节对有效氮形态起主要作用的氮形态;通过现场观测及围隔模拟试验,定量研究了水华暴发的整个过程,同时观测了风浪对巢湖水华藻类水平迁移和垂直混合的影响。研究结果表明:（1）蓝藻在巢湖水华藻类中常年占优势,但优势种群有所差别,春季鱼腥藻占优势,微囊藻次之;夏、秋两季微囊藻占绝对优势.表层沉积物中藻类生物量从1月到夏初呈下降趋势,最小值出现在6～7月份之间,然后逐渐升高,最大值出现在冬季.温度是巢湖藻类生物量变化最为显著的影响因子。（2）入湖河流可分为三类,为城市污染河流、清水产流河流和水质保持河流,其中城市污染河流输入到巢湖中CODMn、NH4+-N、TN、TP量分别占全部入湖河流污染负荷的41.29%、89.49%、72.27%和60.14%;因子分析显示有机污染是入湖河流主要污染来源,九条环湖河流污染分级排序为:南淝河>十五里河>派河>双桥河>柘皋河>裕溪河>白石山河>兆河>杭埠河;入湖区藻类生物量与入湖河流NH4+-N、TN、TP的输入量呈正相关,但TN的输入量更能显著增加藻类生物量。（3）巢湖水环境自西向东分为重度污染区、中度污染区和轻度污染区,Chla、DTN可作为巢湖水环境空间显著性差异的指示因子。各监测点污染分级排序为:南淝河入湖区>十五里河入湖区>塘西河入湖区>西半湖湖心>派河入湖区>杭埠河入湖区>忠庙>兆河入湖区>坝口>东半湖湖心>造船厂>中垾乡；水环境质量月平均污染分级排序为:8月>6月>9月>4月>5月>7月>10月>1月>3月>12月>11月>2月。不同季节筛选出对藻类生物量相对重要的环境因子不同,全年总磷、总氮、温度、硝氮、氨氮与藻类生物量较为密切。（4）上覆水中NH4+-N含量随水华暴发强度的增加而减小,溶解性总氮（DTN）含量在水华暴发后明显升高,而NO3--N含量只在水华暴发严重时才明显减少.上覆水中DTN的主要组成部分在大规模水华暴发前（4月～5月）是NO3--N和NH4+-N,在水华暴发后则是DON.间隙水中以NH4+-N为主,其浓度随温度的增加而升高;DON呈先下降后上升的趋势.通量计算结果表明,沉积物作为NH4+-N的“源”一直由间隙水向上覆水释放,西半湖扩散通量在13.06 mg/（m2·d）～32.94 mg/（m2·d）之间,东半湖扩散通量在4.54 mg/（m2·d）～17.41 mg/（m2·d）之间.（5） FN、EN呈夏季低而秋、冬季节高的分布趋势;HN在冬季含量较高,而春、夏季节含量较低;RN含量的季节性变化不明显;TN含量在夏较低而秋、季节较高;MN含量的季节性变化顺序为冬季>春季>秋季>夏季.不同季节对有效氮起主要作用的氮形态不同,春季为酸解氨基酸态氮（AAN）,夏季、秋季为可交换态氮（EN） ,冬季为游离态氮（FN）.（6）充足的营养来源是藻类异常增殖的关键,沉积物作为水华暴发营养物质的内源和“种源”,为浮游藻类的生长提供必要的营养和“种子”;风浪的扰动加速了藻类的增殖以及藻类在水-沉积物界面的交换量;在风速小于3 m·s-1时,团状水华在水面漂移速度与风速呈指数相关性,相关性系数为0.91,当风速大于3 m·s-1时,藻类上下混合沉入水中;主导风向决定了水华的分布状况,试验期间,同一采样点,当其处于下风向时,湖水表层生物量是处于上风向时的8.8倍。