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5S rDNA编码细胞质中5S rRNA,是真核生物中一类高度保守的串联重复序列,重复单位长度为200~900 bp,单倍体基因组中的拷贝数为1000~50000。每个重复单位都是由一个编码区和之间的非转录间隔区(nontranscribed intergenicspacer,NTS)组成。相对于拷贝数较大的变异程度,5S rDNA编码区的碱基序列则相当保守,长度约为120 bp,而非转录区变化范围在100-700 bp,5S rDNA碱基序列的变异主要来自非转录区。5S rDNA是研究比较物种进化